來自上海交通大學、復(fù)旦大學和第二軍醫(yī)大學的研究人員，采用外顯子組測序方法揭示出了肝母細胞瘤（hepatoblastoma）的一些新突變和癌基因，并證實它們與Wnt信號通路以及泛素連接酶復(fù)合體相關(guān)。這一研究發(fā)現(xiàn)已在國際著名肝臟疾病雜志Hepatology（最新影響因子12.003）在線發(fā)表。

　　上海交通大學的何祥火(Xianghuo He)教授、復(fù)旦大學的董巋然（Kuiran Dong）教授以及第二軍醫(yī)大學的王紅陽（Hongyang Wang）院士是這篇論文的共同通訊作者。

　　為了鑒別出肝母細胞瘤的新突變，研究人員對6對肝母細胞瘤及匹配淋巴細胞進行了全外顯子組測序。由此鑒別出了21個基因上的24種體細胞非同義突變，其中大多數(shù)的為新發(fā)突變，包括Wnt信號通路中CTNNB1 (G512V)和CAPRIN2 (R968H/S969C)基因的三個新突變。還發(fā)現(xiàn)了從前證實與泛素連接酶復(fù)合體相關(guān)的一些基因：SPOP、KLHL22、TRPC4AP和RNF169。

　　研究人員證實，在功能上CTNNB1 (G512V)和CAPRIN2 (R968H/S969C)均為功能獲得性突變，在肝母細胞瘤中CAPRIN2 (R968H/S969C)激活了Wnt信號通路。這些研究結(jié)果表明在肝母細胞瘤中存在Wnt信號通路激活，通過在42個肝母細胞瘤腫瘤中對β-catenin進行免疫組化染色進一步證實了這一點。

　　隨后，他們利用shRNA介導(dǎo)RNA干擾，評估了21種突變基因?qū)τ诟文讣毎黾毎娴挠绊?。研究結(jié)果表明1種新的癌基因CAPRIN2和3種抑癌基因SPOP、OR5I1及CDC20B影響了肝母細胞瘤的細胞生長。并且，研究人員發(fā)現(xiàn)在肝母細胞瘤細胞中SPOP S119N是一種功能喪失性突變。他們最終證實SPOP可通過調(diào)控CDKN2B表達抑制肝母細胞瘤的細胞增殖。這些研究結(jié)果擴展了肝母細胞瘤的遺傳變異圖譜，闡明了Wnt和泛素信號通路調(diào)控異常在肝母細胞瘤的腫瘤形成中起著重要的作用。

　　外顯子組測序 （Exome sequencing）是近年發(fā)展起來的一種利用序列捕獲技術(shù)將全基因組外顯子區(qū)域DNA捕捉并富集后進行高通量測序的基因組分析方法。是一種選擇基因組的編碼序列的高效策略，相對于基因組測序其成本較低。目前，外顯子組測序已經(jīng)在米勒綜合癥、歌舞伎綜合癥、重型顱腦畸形等孟德爾疾病的研究中得到成功應(yīng)用。還有其它一些癌癥和復(fù)雜性疾病也應(yīng)用外顯子組測序觀察到高度相關(guān)的突變。

　　文章中外顯子測序、SNP芯片以及后續(xù)的大部分數(shù)據(jù)分析均由晶能生物完成。