本病應(yīng)與以下疾病相鑒別：

　　(1)致密性骨發(fā)育障礙：該患兒矮小，顱蓋骨增大,額枕骨突出，常見有縫間骨，末節(jié)指骨發(fā)育不全，長骨密度增高但骨髓腔存在，患兒無貧血。

　　(2)顱骨干骺發(fā)育不全：顱骨進(jìn)行性增大變厚，骨質(zhì)不脆，多在5歲以后才有表現(xiàn)。

　　(3)顱骨骨干發(fā)育不全：主要表現(xiàn)為“獅面”增生，其他部位無骨破壞，骨塑形不佳，鎖骨及肋骨增寬。

　　(4)新生兒骨硬化：通常在1個(gè)月內(nèi)消失。

　　(5)貧血或白血病時(shí)并發(fā)的骨髓纖維化：有時(shí)很難與大理石骨癥相鑒別，只有借助血液檢查及骨髓穿刺檢查。

　　(6)氟骨癥：因?yàn)榉前Y累及頭顱時(shí)，也可表現(xiàn)為顱板增厚，密度增高，特別是顱底可出現(xiàn)明顯硬化。但是氟骨癥為慢性氟中毒所致，病人有氟化物長期接觸史或長期飲水含氟量超過允許量及用氟化物治療骨髓瘤、骨質(zhì)疏松癥的病史。氟骨癥不如石骨癥那樣均勻致密，同時(shí)氟骨癥病變以軀干為主，而向四肢遞次減弱，骨紋增粗呈網(wǎng)眼樣改變，晚期可見韌帶鈣化和骨間膜鈣化，而不具備石骨癥的上述特征。氟骨癥尿化驗(yàn)氟化物高達(dá)8mg/L以上。

　　另外本病還需與重金屬中毒、維生素D中毒、甲狀腺機(jī)能低下及先天性梅素等區(qū)別。