加拿大團隊開(kāi)發(fā)出基于NGS平臺的丙型肝炎病毒基因分型及耐藥檢測

2018-07-20 來(lái)源：中國病毒學(xué)論壇標簽：掌上醫生喝茶減肥一天瘦一斤安全減肥 cps聯(lián)盟美容護膚

摘要：據英屬哥倫比亞大學(xué)艾滋病毒卓越教學(xué)中心的負責人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費進(jìn)行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛生機構最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團隊正在努力組建相關(guān)的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數據庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。

日前，英屬哥倫比亞大學(xué)（以下簡(jiǎn)稱(chēng)英屬哥大）卓越教學(xué)中心的研究人員開(kāi)發(fā)了一種基于高通量測序的丙型肝炎病毒檢測方法，該方法可鑒定產(chǎn)生耐藥的病毒變種。研究人員表示，該檢測方法還可進(jìn)行病毒分型，是PCR、雜交和基于Sanger平臺檢測技術(shù)的有力補充。與傳統檢測方法，基于NGS的檢測方法具有更佳的檢測范圍及堿基分辨率。

據英屬哥倫比亞大學(xué)艾滋病毒卓越教學(xué)中心的負責人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費進(jìn)行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛生機構最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團隊正在努力組建相關(guān)的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數據庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。

丙型肝炎的獨特之處在于90％至95％的長(cháng)期感染者實(shí)際上是可以治愈的。然而，治療藥物比較昂貴，三個(gè)月的療程的費用高達30000~50000美元。因此，對患者采用適宜的藥物雞尾酒療法至關(guān)重要。

此外，一些患者感染了天然耐藥的病毒株，如果在開(kāi)始治療之前不知道這些基因信息，那么這些患者的治療將會(huì )以失敗告終，患者將繼續攜帶病毒，有著(zhù)較高擴散耐藥丙肝病毒的風(fēng)險。豪爾強調，通過(guò)實(shí)施耐藥檢測，不僅有希望將治愈率提高，還將阻止丙型肝炎耐藥株的傳播。

基于此，英屬哥大艾滋病毒卓越教學(xué)中心的研究人員開(kāi)發(fā)了基因分型和耐藥檢測，對104堿基組成的丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行完整測序。該檢測在IlluminaMiSeq平臺上進(jìn)行，此前研究人員已經(jīng)用Sanger測序檢測對特異性耐藥突變的兩個(gè)患者隊列進(jìn)行了驗證。通過(guò)檢測一個(gè)包含70位患者的隊列的特異性耐藥突變，發(fā)現了一個(gè)針對藥物Olysio（辛伐他汀）耐藥性的突變。此外，該團隊還進(jìn)一步在90位采用蛋白酶和NS5A抑制劑雞尾酒療法的患者體內檢測到存在NS3/4A、NS5A和NS5B基因耐藥突變，進(jìn)一步驗證了NGS檢測的準確率。

檢測能夠同時(shí)鑒定丙型肝炎病毒基因分型。豪爾說(shuō)，有七種不同的丙肝病毒基因型，大多數丙肝藥物都是基因型特異的。她表示：“如果你對錯誤的基因型使用錯誤的藥物，治療失敗的可能性就會(huì )很大。”

丙型肝炎病毒基因分型的標準方法是基于實(shí)時(shí)PCR方法。基因分型檢測通常僅分析104對堿基丙型肝炎病毒基因組的約100個(gè)堿基對。但是，由于丙型肝炎病毒的突變率如此之高，因此有時(shí)檢測會(huì )鑒定為不正確的基因型，或者無(wú)法鑒定基因型中的特定亞型。豪爾介紹，對整個(gè)丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行測序可以改善基因分型。

對一位病人的傳統診斷檢查流程是，醫生首先進(jìn)行基因分型檢測，然后根據分型信息進(jìn)行耐藥檢測——只尋找與特定基因型相關(guān)的耐藥突變。所以如果基因分型檢測是錯誤的，那么基于Sanger檢測方法的耐藥檢測也將失敗，豪爾說(shuō)。但是，通過(guò)對整個(gè)丙型肝炎病毒基因組測序，可同時(shí)收集基因分型和耐藥信息。

耐藥檢測也很重要，因為有證據表明對存在耐藥突變的患者優(yōu)化治療策略可以增加治療成功的可能性。例如，對于某些耐藥突變，治療周期只需要增加到12周以上。她說(shuō)：“延長(cháng)治療周期有助于清除病毒的殘余部分。”

對于其他類(lèi)型的耐藥突變，有證據表明，將藥物利巴韋林加入雞尾酒療法有增加治療效果的可能性。豪爾說(shuō)添加利巴韋林的作用原理還不完全清楚，但是一個(gè)假說(shuō)是利巴韋林有助于增強免疫系統。

對完整的丙型肝炎病毒基因組進(jìn)行測序的另一個(gè)優(yōu)點(diǎn)是，除了鑒定已知的耐藥突變外，同時(shí)也能夠鑒定潛在的新型耐藥突變。因此，研究人員也在努力開(kāi)展國際合作來(lái)收集和共享數據。豪爾說(shuō)，英屬哥大網(wǎng)站將作為構建數據庫的中樞，目前正在努力搭建IT基礎設施，并確定數據分享和隱私協(xié)議等技術(shù)細節。數據庫將能夠支持NGS測序數據以及Sanger測序數據。此外，豪爾還表示，研究團隊希望將相關(guān)知識，檢測標準流程和解讀資源輸出到其他國家，盡管她尚未制定具體的計劃。

豪爾介紹，目前在丙型肝炎病毒藥物仍高度有效時(shí)實(shí)施這樣一個(gè)方案，對確保藥物繼續以極高的比例治愈病人至關(guān)重要。5％~10％未被治愈的患者“將攜帶耐藥丙型肝炎病毒并繼續傳播病毒，只是這次是耐藥丙型肝炎病毒，而非野生型病毒，耐藥病毒感染的人數將隨著(zhù)時(shí)間的推移而繼續擴大”。