口腔潰瘍雖然至今仍不能完全明確口腔潰瘍的確切病因，但專(zhuān)家認為口腔潰瘍的發(fā)生是多種因素綜合作用的結果。免疫、遺傳和環(huán)境可能是口腔潰瘍發(fā)病的“三聯(lián)因素”，即遺傳背景與適當的環(huán)境因素（包括精神神經(jīng)體質(zhì)、心理行為狀態(tài)、生活工作和社會(huì )環(huán)境等）可引發(fā)異常的免疫反應而出現口腔潰瘍特征性病損。也有人提出“二聯(lián)因素”論，即外源性因素（病毒和細菌）和內源性誘導因素（激素的變化、精神心理因素、營(yíng)養缺乏、系統性疾病及免疫功能紊亂）相互作用而致病。
大多數醫生認為，口腔潰瘍與以下因素有關(guān)：
1、消化系統疾病及功能紊亂
患系統性疾病的患者易發(fā)生口腔潰瘍，主要是通過(guò)影響免疫系統而致病。口腔潰瘍與胃潰瘍、十二指腸潰瘍、潰瘍性結腸炎、局限性腸炎、肝炎等有關(guān)。研究表明：30%-48%的口腔潰瘍患者有消化道疾病，如腹脹、腹瀉或便秘等情況。其中9%以上有消化道潰瘍。
2、內分泌變化
有些女性患者往往在月經(jīng)期發(fā)生，可能與體內雌激素量下降有關(guān)。有些女性每逢經(jīng)期或行經(jīng)前后就會(huì )出現口腔潰瘍，用藥治療只能暫時(shí)緩解，下月行經(jīng)時(shí)依然如故地出現，疼痛難忍，與此同時(shí)，還常伴有口干、心煩、易怒和大便干結等令人煩惱的癥狀。臨床研究發(fā)現，月經(jīng)期出現口腔潰瘍主要是由于體內黃體酮水平增高而雌激素(孕酮等）的水平降低所致。
3、精神因素
有的患者在精神緊張、情緒波動(dòng)、睡眠狀況不佳的情況下發(fā)病，可能與植物神經(jīng)功能失調有關(guān)。
4、遺傳因素
如父母雙方均患有復發(fā)性口腔潰瘍時(shí)，其子女約有80—90%患病，若雙親之一患此病時(shí)，其子女約有50—60%患病。
5、其他因素
如缺乏微量元素鋅、鐵，缺乏葉酸、維生素B12以及營(yíng)養不良等，可降低免疫功能，增加復發(fā)性口腔潰瘍發(fā)病的可能性。病毒可能是口腔潰瘍的始動(dòng)因子，但目前尚未在患者血清中查出相關(guān)抗體，亦未見(jiàn)從口腔潰瘍病損組織中分離出病毒的報道。細菌對口腔潰瘍的作用已提出了多年，與口腔潰瘍關(guān)系密切的細菌有血鏈球菌及幽門(mén)螺桿菌。體內超氧自由基的生成和清除率不平衡、血栓素B2和6酮前列腺素比例失調及總體水平下降可引發(fā)口腔潰瘍。微循環(huán)障礙致血流速度慢，血液流量低，毛細血管靜脈端管徑擴張，造成局部缺血、缺氧從而引起黏膜膜損傷，潰瘍形成。血清中缺鋅、缺鐵、高銅等與RAU的發(fā)生有一定相關(guān)性。有報道稱(chēng)戒煙亦可誘發(fā)口腔潰瘍。牙膏中的成分12-烷硫酸鈉（SLS）可能刺激黏膜，誘發(fā)口腔潰瘍。
6．中醫病因機制
祖國醫學(xué)界早已對口腔潰瘍有記載。按照中醫的理論體系，口腔潰瘍有以下幾種病因：一是外感六淫，主要是燥、火兩邪，燥邪干澀，易傷津液，火為陽(yáng)邪，其性炎上，津傷火灼，口瘡乃發(fā)。故口瘡多在秋季及氣候突變時(shí)容易復發(fā)。二是飲食不節，由于過(guò)食辛辣肥厚之品或偏食，致火熱內生，循經(jīng)上攻，熏蒸口舌，并常耗傷心肺腎之陰津，致口瘡發(fā)生。三是情志過(guò)極，患者素日思慮過(guò)度，心煩不寐，五志郁而化火，心火亢盛，上炎熏灼口舌，或心火下移于小腸，循經(jīng)上攻于口，均可致口舌生瘡；或平素多有郁怒，肝郁氣滯，肝氣不疏，郁而化火，暗耗陰血，致沖任經(jīng)脈不調，經(jīng)行之時(shí)，經(jīng)氣郁遏更甚，肝火旺盛，上灼口舌而致口瘡。四是素體陰虧，患者素體陰液不足，或久病陰損，虛火內生，灼傷口舌，乃至口舌生瘡。五是勞倦內傷，或久病傷脾，脾氣虛損，水濕不運，上漬口舌，而致口瘡；或郁久化熱，濕熱上蒸，亦可致口瘡。更有甚者，脾氣虛極，傷及脾陽(yáng)，脾陽(yáng)不足，寒濕生熱，上漬于口，可發(fā)口瘡。六是先天察賦不足，或久用寒涼，傷及脾腎，脾腎陽(yáng)虛，陰寒內盛，寒濕上漬口舌，寒凝血淤，久致口舌生瘡。總之外感六淫燥火，內傷臟腑熱盛是致病主因，主病之臟在于心和脾（胃）。
7、食物不耐受
如果口腔潰瘍反復發(fā)作，持續數年甚至十幾年未愈，非常有可能與食物不耐受有關(guān)。食物不耐受指的是一種復雜的變態(tài)反應性疾病，人的免疫系統把進(jìn)入人體內的某種或多種食物當成有害物質(zhì)，從而針對這些物質(zhì)產(chǎn)生過(guò)度的保護性免疫反應，產(chǎn)生食物特異性IgG抗體，IgG抗體與食物顆粒形成免疫復合物（Ⅲ型變態(tài)反應），可引起所有組織（包括血管）發(fā)生炎癥反應，并表現為全身各系統的癥狀與疾病。YORK營(yíng)養學(xué)實(shí)驗室曾經(jīng)做過(guò)一項研究，他們對2567個(gè)懷疑有食物不耐受的英國人進(jìn)行了調查研究，有44%的人出現慢性腹瀉、腹痛、潰瘍、消化不良。其中潰瘍的最主要表現就是口腔潰瘍。可到醫院做食入物變應原篩查（俗稱(chēng)食物不耐受檢測）。各大中城市的大型醫院都可以做，目前做14項常規檢測費用在400-500元之間。找到不耐受食物后，無(wú)需用藥，只要調整飲食結構，忌食該食物，最快30天，最長(cháng)半年就可完全擺脫口腔潰瘍困擾。
8、維生素B族吸收有障礙
人群中有一部分人天生有這個(gè)毛病（有遺傳因素），這些人在正常的食物中無(wú)法獲取足量的維生素B族（一種或多種），口服對應的維生素B效果也不明顯。這些人的癥狀有：1、口腔潰瘍 2、牙周炎牙齦萎縮 3、皮膚干燥甚至呈現魚(yú)鱗狀 4、頑固的腳氣 5、饑餓時(shí)無(wú)法進(jìn)行體內脂肪的“燃燒”（多吃一口就長(cháng)胖少吃了不到時(shí)間就餓） ，等等。上述癥狀可能是一種也可能是兩種以上同時(shí)存在。 很多人吸煙后上述癥狀消失，戒煙后重新出現。似乎針對具體癥狀定期注射對應的維生素B是有效的。