典型的臨床表現是患兒有反復呼吸道及肺部感染，并且有胰外分泌腺不足的表現，如大量脂肪便。臨床上又可以有不同類(lèi)型，它反應囊性肺纖維化在分子水平上的特異性。15%的患兒殘存胰腺功能足夠，分類(lèi)為胰腺功能足夠型，這些患兒的情況好于殘存胰腺功能不足型。如果其他家屬受累，必須獲得該患者的家族史，有時(shí)嬰兒出生時(shí)就會(huì )出現胰腺功能不足的表現，由于黏稠的胎糞可導致胎糞性腸梗阻。
呼吸道初發(fā)癥狀為咳嗽，主要為干咳，痰黏稠不易咳出，以后呈陣發(fā)性咳嗽，痰量增多。由于呼吸道的感染，很多患兒因發(fā)熱起病，然后住院作進(jìn)一步檢查、經(jīng)詢(xún)問(wèn)病史及做有關(guān)檢查方被確診。由于患兒呼吸道的感染嚴重，痰不易咳出，也不會(huì )咳，所以可以有胸悶、憋氣及呼吸困難等缺氧表現，這些癥狀可持續數周甚至數月，不少患兒雖然疾病嚴重，但到10多歲才得到診斷。囊性肺纖維化也可累及生殖系統，因此大多數患病男女是不育的。
如合并支氣管擴張時(shí)有反復咯血，后期可以有發(fā)紺和杵狀指，往往合并肺源性心臟病及心力衰竭等嚴重并發(fā)癥，常于10歲前死亡。相反，假如能得到早期診斷和合理的綜合治療，多數患者可活到20多歲甚至更長(cháng)。
囊性肺纖維化有用的實(shí)驗室檢查是定量的毛果云香堿電滲入療法汗試驗。因為汗液中存在高濃度的NaCl，一般情況下，Cl-<60mmol/L，如測定結果C1->70mmol/L即為陽(yáng)性，有診斷價(jià)值。再結合患兒有胰腺管等外分泌腺功能異常，大便量多，且以脂肪便為多，患兒經(jīng)常容易發(fā)生呼吸道感染，呼吸道黏液性分泌物增多，容易引起氣道阻塞，再結合家族史、X線(xiàn)、CT、MRI等一般還是可以診斷的。

囊性肺纖維化常會(huì )出現囊性支氣管擴張，所以需和一些引起囊性支氣管擴張的疾病鑒別，囊性支氣管擴張是復發(fā)性或慢性感染的并發(fā)癥，其表現可類(lèi)似多發(fā)性空洞，它不是真正的空洞，而是多發(fā)性支氣管擴張伴有囊狀腔隙的表現。
1.丙種球蛋白缺乏癥 該患者易于發(fā)生復發(fā)性細菌感染，繼發(fā)氣道阻塞和囊性支氣管擴張，有時(shí)和囊性肺纖維化不易鑒別，但該患者血中丙種球蛋白明顯減少或缺乏，且汗液中無(wú)高濃度的NaCl存在，因此可以鑒別。
2.復發(fā)性細菌性肺炎 反復發(fā)作時(shí)可以造成支氣管擴張，早期這種支氣管擴張可呈圓柱形，并且是可逆的，但在多次肺炎發(fā)作后，由于支氣管損害可發(fā)展成靜脈曲張狀或囊性支氣管擴張，位于下葉是其特點(diǎn)，感染早期胸片是正常的，在肺底有線(xiàn)狀陰影聚集，這時(shí)支氣管造影可顯示支氣管擴張。當支氣管擴張進(jìn)一步發(fā)展，則可呈小囊狀支氣管擴張，用高分辨率CT(HRCT)可取代支氣管造影而獲得診斷。
3.過(guò)敏性支氣管肺曲菌病 發(fā)生哮喘時(shí)可伴有支氣管囊狀擴張，但一般此病發(fā)病年齡較晚，無(wú)家族遺傳史，纖維支氣管鏡檢查可找到曲菌絲，糖皮質(zhì)激素可治愈。
4.結核性支氣管擴張癥 結核是囊狀支氣管擴張癥的另一原因，在長(cháng)期結核菌感染后，在肺尖及全肺可發(fā)生空洞，這些透明區除了壞死性空洞外，還必須考慮有支氣管擴張，尤其是囊狀支氣管擴張癥，但結核引起的支氣管擴張一般有中毒癥狀，如低熱、盜汗等，痰中可找到結核桿菌，通過(guò)抗結核治療病情會(huì )逐漸好轉，所以臨床上診斷是不難的。