一般非典型瘧疾應與下列疾病相鑒別。
敗血癥 瘧疾急起高熱，熱型稽留或弛張者，類(lèi)似敗血癥。但敗血癥全身中毒癥狀重;有局灶性炎癥或轉移性化膿病灶;白細胞總數及中性粒細胞增高;血培養可有病原菌生長(cháng)。
鉤端螺旋體病 本病流行多在秋收季節，與參加秋收接觸疫水有密切關(guān)系。臨床典型癥狀“寒熱酸痛一身乏，眼紅腿痛淋巴大”可供鑒別。
絲蟲(chóng)病 急性絲蟲(chóng)病有時(shí)需與瘧疾鑒別，鑒別主要依離心性淋巴管炎，血片中找到微絲蚴。
傷寒、副傷寒 一般起病不急，持續高熱，常無(wú)寒戰及大汗，有聽(tīng)力減退，相對緩脈，玫瑰疹，白細胞減少，嗜酸性粒細胞消失，肥達反應陽(yáng)性，血或骨髓培養陽(yáng)性等特點(diǎn)，不難鑒別。
急性血吸蟲(chóng)病 來(lái)自流行區，近期接觸過(guò)疫水，有皮疹，嗜酸性粒細胞明顯增高，血吸蟲(chóng)皮試陽(yáng)性，大便孵化陽(yáng)性，即可確診為血吸蟲(chóng)病。
其它如粟粒性結核、膽道感染引起的長(cháng)熱程發(fā)熱也要注意鑒別。
腦型瘧疾 本病發(fā)生易與流行性乙型腦炎、中毒性痢疾、中暑相混淆。通常要仔細反復查找瘧原蟲(chóng)。毒痢還應做糞常規、培養。一時(shí)弄不清可先用抗瘧藥治療以等待結果。
黑尿熱應與急性溶血性貧血鑒別，如胡豆黃;陣發(fā)性血紅蛋白尿。
瘧原蟲(chóng)感染。
流行病學(xué) 有在瘧疾流行區居住或旅行史，近年有瘧疾發(fā)作史或近期曾接受過(guò)輸血的發(fā)熱患者都應被懷疑。
臨床表現 典型的周期性寒戰、發(fā)熱、出汗可初步診斷。不規律發(fā)熱，而伴脾、肝腫大及貧血，應想到瘧疾的可能。兇險型多發(fā)生在流行期中，多急起，高熱寒戰，昏迷與抽搐等。流行區嬰幼兒突然高熱、寒戰、昏迷，也應考慮本病。
實(shí)驗室檢查 主要是查找瘧原蟲(chóng)，通常找到即可確診。血片找瘧原蟲(chóng)應當在寒戰發(fā)作時(shí)采血，此時(shí)原蟲(chóng)數多、易找。需要時(shí)應多次重復查找。并一定要做厚血片尋找。如臨床高度懷疑而血片多次陰性可做骨髓穿刺涂片查找瘧原蟲(chóng)。
治療性診斷 臨床表現很象瘧疾，但經(jīng)多次檢查未找到瘧原蟲(chóng)。可試用殺滅紅內期原蟲(chóng)的藥物(如氯喹)，治療48小時(shí)發(fā)熱控制者，可能為瘧疾。但注意耐氯喹蟲(chóng)株。