診斷主要基于臨床典型皮疹。其它檢查方法如下。

　　1.皮損細胞學涂片：取皮損行瑞特或姬姆薩染色顯微鏡下尋找細胞漿內包涵體。包涵體將表皮細胞核擠壓到細胞一側呈半月狀。

　　2.皮損組織病理學檢查：病變主要在表皮。表皮向下增生，呈多個小葉狀，許多表皮細胞內含有胞漿包涵體。在真皮內通常很少或無炎癥反應，但如軟疣小體破入真皮，則可出現(xiàn)明顯炎癥反應，主要為淋巴細胞、多形核白細胞、巨噬細胞。

　　3.檢測血清特異性抗體：目前臨床仍未采用。

　　4.熒光抗體檢測傳染性軟疣抗原：臨床仍未采用。

　　5.其它STD檢測：應篩選評估感染其它STD。

　　根據(jù)本病的臨床上有蠟樣光澤的圓形或半球形丘疹，中央臍凹狀，可擠出干酪樣物與組織病理具有特征樣，易于診斷。生殖器部位損害有性活躍年青者，應檢查有地性病。較大皮損應與基底細胞癌，角化棘皮瘤鑒別。

　　傳染性軟疣是由一種只感染給人類的DNA病毒引起的。皮疹可以發(fā)生在身體的任何部位，小丘疹逐漸增大至綠豆大小，呈半圓型，質地飽滿，無痛癢，呈皮膚色，灰白色或珍珠色，如同小水珠.故又稱為水疣。