(一)治療
本病常在免疫功能降低時(shí)發(fā)病，故應消除各種誘發(fā)因素。早期局限性肺部肉芽腫或空間，可采用抗真菌藥物治療，必要時(shí)可手術(shù)切除。
對于單純有呼吸道隱球菌寄生的慢阻肺病人，當沒(méi)有肺部受侵犯的證據時(shí)應定期隨訪(fǎng)。對胸片有肺實(shí)質(zhì)受侵犯，呼吸道分泌物培養中分離出新型隱球菌的病人應給予積極的治療，防止發(fā)生血源性播散。對于免疫功能低下的病人因病變極易由肺播散到中樞神經(jīng)系統所以既使其腦脊液檢查還是陰性結果，亦應極早開(kāi)始系統治療。
治療中以?xún)尚悦顾谺作為首選藥物，單用兩性霉素B時(shí)從小劑量開(kāi)始每天0.1～0.25mg/kg，逐漸增加至每天1mg/kg，加入5%葡萄糖液中，滴注時(shí)間不少于6～8h，一個(gè)療程總劑量為1～2g。
國外學(xué)者統計在艾滋病病人中有7%的人并發(fā)新型隱球菌的感染，在治療中多采用積極的抗真菌治療。選擇兩性霉素B和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的聯(lián)合應用。兩性霉素B：0.3mg/(kg·d)，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)100mg/(kg·d)(分四次口服)。平均4～6周即可見(jiàn)到臨床效果。對于兩性霉素B的肝、腎毒性及可能引發(fā)的血管炎，氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)引起的骨髓抑制和腹瀉造成的電解質(zhì)紊亂，應給予認真的監測。出現毒副反應的病人應被減少藥物劑量。對于不能耐受兩性霉素B和氟胞嘧啶(5-氟胞嘧啶)的病人，推薦選用靜脈滴注氟康唑(大扶康)，首日劑量400mg，以后每天200mg。其可有效的進(jìn)入腦脊液。
對臨床癥狀較輕而有隱球菌感染證據的病人可以采用口服氟康唑或伊曲康唑。因伊曲康唑在腦脊液內濃度較低，一般作為維持治療，每天400mg用藥1～47個(gè)月(平均12個(gè)月)，復發(fā)率為13%。用藥時(shí)間長(cháng)短取決于隱球菌培養及血清莢膜多糖抗原的陰轉情況。
單一肺部結節病灶的隱球菌感染，是否行外科手術(shù)切除目前還有爭議。多數意見(jiàn)贊成抗真菌藥物治療，因為除了少數單一結節外科手術(shù)治療有效，多數病例不可能完全切除肺部隱球菌結節或團塊以控制感染。個(gè)別病人因胸膜滲出需作引流。其余絕大多數病人藥物治療就可以達到治療目的。
(二)預后
該病原菌主要侵犯中樞神經(jīng)，對腦膜和腦組織有親和性，故腦隱球菌病80%以上，死亡率最高。