根據單心室各亞型的具體病理解剖和病理生理情況，分別選用下列手術(shù)。
（一）姑息性手術(shù)　以增加（體-肺動(dòng)脈分流術(shù)）或減少（肺動(dòng)脈環(huán)束術(shù)）肺血流量改善其癥狀。但姑息性手術(shù)亦有其缺點(diǎn)，如體-肺動(dòng)脈分流術(shù)后肺動(dòng)脈常扭曲變形，使日后糾治術(shù)時(shí)發(fā)生困難；肺血流增加太多會(huì )因增加心室容量負荷而促成心衰；上腔靜脈-肺動(dòng)脈吻合術(shù)（Glenn手術(shù)）不增加心室容量負荷，但有時(shí)晚期會(huì )發(fā)生同側肺動(dòng)脈脈瘺；肺動(dòng)脈束帶向遠側移位會(huì )造成肺動(dòng)脈扭曲等。Moodie等分析姑息手術(shù)用以治療單心室的效果，發(fā)現不管是為增加或減少肺血流量而手術(shù)，30%A型和75%C型單心室死于確診后10年內，因此姑息性手術(shù)既有用處又有不足或不盡滿(mǎn)意之處。
（二）心室排外手術(shù)（Fontan手術(shù)）使肺循環(huán)與心室直接從心房進(jìn)入肺動(dòng)脈（縫閉該側房室瓣孔和肺動(dòng)脈根部），而遺下的單心室專(zhuān)供體循環(huán)使用。Mayo臨床醫院截至1983年，為128例單心室病人做了Fontan術(shù)，手術(shù)死亡率25%（32例），后50例死亡率降至14%（7例）。心室與主動(dòng)脈之間血流通道有狹窄者，Fontan手術(shù)的危險性特別高。
（三）心室分隔術(shù)　以大塊人造纖維織物，將心室腔一隔為二，各接受一側房室瓣的血液，并分別供應肺動(dòng)脈和主動(dòng)脈。手術(shù)復雜而困難雖經(jīng)不斷改進(jìn)操作技術(shù)，但早期和晚期死亡率仍不能令人滿(mǎn)意。Mayo臨床醫院Feldt曾報道45例，其早期和晚期死亡率分別達47%（21例）及18%（8例），存活的16例中12例情況較好，4例療效不佳。11例為左向前位主動(dòng)脈瓣下流出道腔室、術(shù)前無(wú)充血性心衰、先前未行姑息手術(shù)、且術(shù)前無(wú)明顯紫紺者，其手術(shù)存活率達82%，綜合其他報道的資料亦說(shuō)明，分隔術(shù)應限用于具有左向前位的主動(dòng)脈瓣下輸出腔室（A-Ⅲ型）、正常房室瓣、心室輸出部無(wú)阻塞病變、先前未施行過(guò)姑息性手術(shù)以及術(shù)前無(wú)充血性心衰及明顯紫紺者。