冠狀動(dòng)脈瘺的唯一治療方法是施行外科手術(shù)，閉合冠狀動(dòng)脈與心腔之間的異常通道。1947年Biorck，Crafoord首先施行結扎術(shù)治療1例冠狀動(dòng)脈-肺動(dòng)脈瘺獲得成功。Xwan等于1959年在體外循環(huán)下施行冠狀動(dòng)脈瘺縫閉術(shù)。
臨床上呈現心室充盈負荷增多、充血性心力衰竭、心肌供血不足和細菌性心內膜炎等癥狀的病人，診斷明確后即應考慮外科治療。對于冠狀動(dòng)脈瘺口小、分流量少、肺循環(huán)與體循環(huán)血流量比率小于1.3、臨床上無(wú)癥狀的嬰兒或幼童病例的手術(shù)適應證，意見(jiàn)尚不一致。有的作者認為可長(cháng)期隨診觀(guān)察，如冠狀動(dòng)脈瘺趨向增大或臨床上呈現癥狀時(shí)，再考慮手術(shù)治療。另一種意見(jiàn)是冠狀動(dòng)脈瘺自行閉合的可能性極少，手術(shù)治療比較簡(jiǎn)便安全，治療效果良好，為了預防長(cháng)大后可能發(fā)生的各種并發(fā)癥，診斷明確后均應在童年期施行手術(shù)治療。
手術(shù)操作方法可根據病變情況選用：①冠狀動(dòng)脈結扎術(shù)；②冠狀動(dòng)脈瘺切線(xiàn)縫閉術(shù)；③冠狀動(dòng)脈切開(kāi)縫閉瘺口術(shù)；④經(jīng)心腔切口縫閉瘺口術(shù)。前兩種手術(shù)方法可不需應用體外循環(huán)，后兩種手術(shù)則必需在體外循環(huán)下進(jìn)行操作。操作技術(shù)：仰臥，前胸中線(xiàn)切口，縱向鋸開(kāi)胸骨，切開(kāi)心包膜，病變的冠狀動(dòng)脈在心肌表面呈現纖曲擴張的血管，甚易辨認，瘺口部位常可們到震顫。心臟前壁冠狀動(dòng)脈瘺且瘺口位于冠狀動(dòng)脈主支或分支的終末端者可作冠狀動(dòng)脈結扎術(shù)；在靠近瘺口處，游離冠狀動(dòng)脈后先暫行阻斷至震顫完全消失，嚴密監測心電圖5～10分鐘，如無(wú)心肌缺血征象，即可用縫線(xiàn)雙重結扎或予以切斷。冠狀動(dòng)脈有瘺口數個(gè)位于主支的下壁者則宜作冠狀動(dòng)脈瘺切線(xiàn)縫閉術(shù)：在病變冠狀動(dòng)脈下方穿越淺層心肌，并列放置數針與血管呈垂直方向的交鎖褥式縫線(xiàn)，暫行收緊縫線(xiàn)至震顫消失，心電圖監測無(wú)心肌缺血征象后即可逐一結扎縫線(xiàn)，封閉瘺口。冠狀動(dòng)脈瘺位于左側房室溝，累及回旋支或右冠狀動(dòng)脈遠側段，顯露比較困難或呈動(dòng)脈瘤樣擴大，需行部分切除術(shù)。瘺口部位不在冠狀動(dòng)脈的終末端者則需在體外循環(huán)下施行冠狀動(dòng)脈腔內瘺口縫閉術(shù)。建立體外循環(huán)之前應先在心肌表面放置縫線(xiàn)，精確標明冠狀動(dòng)脈瘺的部位，以防建立體外循環(huán)后局部震顫消失，難于確定病變部位。建立體外循環(huán)結合低溫后阻斷升主動(dòng)脈，縱向切開(kāi)病變的冠狀動(dòng)脈，縫合瘺口，再縫合冠狀動(dòng)脈切口。如病變的冠狀動(dòng)脈呈動(dòng)脈瘤樣擴大，則可部分切除冠狀動(dòng)脈瘤壁，再行縫合。極少數病例需切除動(dòng)脈瘤，植入一段大隱脈。冠狀動(dòng)脈瘺破入心房、心室或肺動(dòng)脈者則可在體外循環(huán)結合低溫下，阻斷升主動(dòng)脈，切開(kāi)冠狀動(dòng)脈瘺通入的心腔或血管腔，在腔內縫閉瘺口。
冠狀動(dòng)脈瘺外科治療效果良好，并發(fā)巨大冠狀動(dòng)脈動(dòng)脈瘤者則手術(shù)危險性增高，手術(shù)死亡率約為2％。術(shù)后心肌梗塞并發(fā)率約為3～6％。4％的病人術(shù)后冠狀動(dòng)脈瘺復發(fā)。術(shù)后長(cháng)期隨診，臨床癥狀消失，心功能恢復正常。