(一)治療
患者應按腸道傳染病隔離，控制飲食。合并細菌感染時應給予抗生素。對確診患者和高度懷疑本病者應給予抗病原體藥物治療。
1.甲硝唑 為目前治療本病首選藥物。成人200mg/次，3次/d，連服5～7天，療效可達90%以上。兒童15～20mg/(kg·次)，3次/d，連服5～7天。一般服藥3天糞中原蟲即可轉陰，癥狀逐漸消失。常見毒副作用有口腔金屬味感、惡心、倦怠、嗜睡等。服藥期間應禁酒，孕婦及哺乳期患者禁用。
2.呋喃唑酮 成人100mg/次，3次/d或4次/d，療程7天;兒童5～10mg/kg體重，分4次口服，療程同上。療效可達80%左右。
3.阿苯達唑(albendazole) 成人250mg/次，2次/d;兒童50～100mg，2次/d，均連服3天，療效可達90%～100%，是一種很有前途的抗藍氏賈第鞭毛蟲藥物。
4.吡喹酮(praziquantel) 成人600mg/d，2次/d，連服3天。也可20mg/kg體重，3次/d，連服2天。本藥治療效果尚待進一步研究確定。國外尚有人采用替硝唑(tinidazole)、尼莫唑(nimorazole)、國內(nèi)則有苦參浸膏片用于本病治療，療效均在90%以上。
(二)預后
若病變廣泛、遷延，可引起患兒營養(yǎng)不良，貧血等，易繼發(fā)細菌感染造成死亡。