潛伏期一般1～3周，平均9～15天，臨床表現以胃腸道癥狀為主。急性期典型癥狀為暴發(fā)性腹瀉，水樣大便并有惡臭，可有少量黏液，但多無膿血。患者常伴有惡心、嘔吐、腹脹、噯氣。腹痛常見，多在中上腹、絞痛。部分患者有低熱、發(fā)冷、頭痛、乏力、食欲減退等全身癥狀。急性期持續(xù)數天，如治療不及時，即可能轉為亞急性感染，主要表現為間歇性腹瀉、腹痛、食欲減退等，可持續(xù)數月。慢性期主要表現為反復發(fā)作或持續(xù)稀便，多為周期性短時間腹瀉，大便為表面漂浮黃色泡沫的稀便，惡臭，多在10次/d以下。腹脹、噯氣、厭食、惡心、但腹部絞痛少見。病程?？砷L達數年，兒童病例和嚴重感染者因長期吸收不良可導致消瘦，體重減輕，發(fā)育障礙，貧血等。如蟲體侵犯膽囊和膽管時，患者表現為膽囊炎和膽管炎癥狀，右上腹或劍突下疼痛，惡心嘔吐，發(fā)熱，膽囊區(qū)壓痛等。病變累及肝臟，患者以肝區(qū)疼痛，肝大伴壓痛及肝功能損害為主要表現。此外，部分患者可表現為胃炎、闌尾炎等。
本病根據患者有腹瀉、腹脹、上腹部疼痛或不適感，糞便惡臭，并可發(fā)現藍氏賈第鞭毛蟲等一般診斷不困難。

鑒別診斷應考慮阿米巴痢疾、細菌性痢疾或其他原因引起的胃腸炎。以上腹部疼痛、肝大壓痛、肝功能受損者則考慮膽囊炎、膽道感染和病毒性肝炎，反復查找藍氏賈第鞭毛蟲是鑒別的重要步驟。