臨床表現因病變程度和分布而不同。SLE可以突然發(fā)病，類(lèi)似急性感染；或者偶有發(fā)熱和不適，隱匿發(fā)展數月乃至數年。血管性頭痛，癲癇或精神病也可以是首發(fā)癥狀。任一器官系統均可累及。大約90%病人主訴有從間歇性關(guān)節痛到多關(guān)節炎等不同程度的關(guān)節癥狀；有的病人甚至在其他癥狀出現之前數年即有這種主訴。久病者可出現掌指關(guān)節滑囊附著(zhù)性侵蝕和繼發(fā)性關(guān)節畸形，但X線(xiàn)檢查無(wú)侵蝕性改變(Jaccoud關(guān)節炎)。然而，多數狼瘡引起的關(guān)節炎無(wú)破壞性，致畸性。
特征性的頰部蝶形紅斑是可能發(fā)生的多種皮膚損害之一；其他皮疹包括上述DLE那樣的盤(pán)狀損害(見(jiàn)下文盤(pán)狀紅斑狼瘡)，面部，頸部暴露區域，上胸部和肘部等處有堅硬的紅斑樣或斑丘疹樣損害。盡管粘膜經(jīng)常出現潰瘍，(特別是硬腭軟腭交界附近的硬腭中央部位，頰，齦粘膜及鼻中隔前部)但皮膚卻很少起皰和發(fā)生潰瘍。活動(dòng)期SLE常常發(fā)生廣泛脫發(fā)。有時(shí)手掌側方出現斑紋狀紅斑一直延伸到手指，甲周紅斑水腫及手指掌側面紅紫色斑狀皮損。紫瘢可繼發(fā)于血小板減少或壞死性血管炎。40%病人有光敏。
滲出性或非滲出性復發(fā)性胸膜炎常見(jiàn)。雖然常常可以發(fā)生輕度肺功能異常，但狼瘡性肺炎少見(jiàn)。致命的肺出血很少發(fā)生。心包炎經(jīng)常出現。其他見(jiàn)于少數病人的更為危險的并發(fā)癥，包括冠狀動(dòng)脈血管炎，纖維性心肌炎和Libman-Sacks病變。
常有全身淋巴結腫大，尤其是兒童，青年和黑人。10%病人脾腫大。組織學(xué)上表現為脾動(dòng)脈周?chē)w維化("洋蔥皮樣"損害)。
中樞神經(jīng)系統受累時(shí)可引起頭痛，性格改變，腦卒中，癲癇，精神病以及器質(zhì)性腦綜合征。腦或肺動(dòng)脈血栓形成或栓塞雖然少見(jiàn)，但目前已知其發(fā)生與抗心磷脂抗體有關(guān)。
腎臟損害可以是良性的和無(wú)癥狀的，或為進(jìn)展性和致命性的。最常見(jiàn)的表現為蛋白尿。腎損害的病理組織學(xué)檢查可見(jiàn)多種類(lèi)型，從通常為良性的局灶性腎小球炎到彌漫性膜增殖性腎小球炎均可見(jiàn)到。由于已能越來(lái)越多地發(fā)現輕微病人，臨床上嚴重腎病的發(fā)生率已經(jīng)下降。
急性狼瘡白細胞吞噬綜合征是一種少見(jiàn)的SLE類(lèi)型，病人表現為發(fā)熱，惡性全血細胞減少，這一類(lèi)型在SLE發(fā)病率較高的亞洲人群尤其是中國人中已有報道。骨髓檢查示反應性組織細胞增生，組織細胞吞噬造血細胞(反應性造血細胞吞噬綜合征)。無(wú)感染的證據存在。病人對皮質(zhì)激素反應好且快。

SLE常被誤診為其他疾病，在SLE確診前易誤診的疾病有：
1．類(lèi)風(fēng)濕性關(guān)節炎
2．風(fēng)濕熱
3．白塞病
4．雷諾病或綜合征
5．急性腎盂腎炎
6．再生不良性貧血
7．原發(fā)性血小板減少性紫癜
8．肺結核
9. 胸膜炎
10．心肌炎
11．腎病綜合征
12．急性腎小球腎炎
13．慢性腎小球腎炎
14．妊娠毒血癥
15．血栓性靜脈炎
16．無(wú)菌性腦膜炎