潛伏期較短，一般僅3～5天，最多7～15天。早期會出現(xiàn)味覺和嗅覺異常，此為病原體侵入的反應。常以劇烈頭痛、高熱、噴射性嘔吐等癥狀開始，繼則出現(xiàn)全身性或局限性癲癇發(fā)作，并有明顯的腦膜刺激癥狀，如頸項強直、凱爾尼格征及布魯津斯基征陽性等。多數(shù)在數(shù)天內(nèi)轉(zhuǎn)入譫妄、癱瘓及昏迷。由于本病為一種暴發(fā)性和致命性的腦膜腦炎，患者體內(nèi)幾乎來不及引起保護性的細胞和體液免疫反應。因此，常在1周內(nèi)因嚴重腦水腫，導致呼吸、循環(huán)中樞衰竭而死亡。據(jù)報道目前所有原發(fā)性阿米巴腦膜腦炎病例中，經(jīng)醫(yī)院搶救后幸存者不足10例。
可從以下幾方面加以診斷。
1.流行病學史 多在夏季發(fā)病，起病前5～7天曾在不流動的湖水或溫熱水中游泳史。
2.有上述中樞神經(jīng)系統(tǒng)病變的臨床表現(xiàn)。
3.CT檢查腦部顯示有彌漫性密度增高區(qū)域，并累及灰質(zhì)。腦部及腦腳間處的腦池間隙閉塞，大腦半球上部環(huán)繞中腦和蛛網(wǎng)膜空間的亞顯微結(jié)構(gòu)均消失。
4.腰椎穿刺顯示顱內(nèi)壓明顯增高[2.94～6.37kPa(300～650mm H2O)]，腦脊液中紅細胞數(shù)平均為2.78×109/L，多形核白細胞百分率增高，蛋白質(zhì)增加，糖含量下降。腦脊液鏡檢或體外培養(yǎng)確認為福氏耐格里阿米巴滋養(yǎng)體，才能確診。

應與化膿性腦膜炎、單純皰疹性腦炎、流行性乙型腦炎等相鑒別。