60%患者呈無(wú)癥狀的亞臨床經(jīng)過(guò)，僅在球孢子菌皮試檢查時(shí)發(fā)現。40%的患者臨床表現各異，主要有以下類(lèi)型：
1.原發(fā)性肺球孢子菌病 感染10～16天后出現流感樣癥狀，干咳、偶有血絲痰。常有胸痛。胸部體征常陰性，20%患者有結膜炎，變形性紅斑、結節性紅斑等過(guò)敏性皮膚損害。可伴有多發(fā)性漿膜炎(胸膜炎、心包炎、關(guān)節炎)。病程呈自限性，6～8周內癥狀可消退。感染初期易發(fā)生臨床的真菌血癥，但引起肺外破壞性病變的甚少，主要見(jiàn)于皮膚、關(guān)節、骨骼和腦膜。
X線(xiàn)表現為肺門(mén)淋巴結腫大，胸膜反應和胸腔積液。肺內結節病灶起病6～8周內可消退。極少殘留肺部異常，常見(jiàn)的為肺球孢子菌結節及空洞。
2.慢性進(jìn)行性球孢子菌肺炎 在原發(fā)感染8周以后，肺部病灶持續存在，且病變逐漸惡化。表現為持續低熱、咳嗽、厭食、體重下降，部分患者有咯血。病程緩慢而長(cháng)，可達數月至數年。
X線(xiàn)表現為肺段或肺葉的浸潤陰影，多發(fā)性空洞和纖維結節病灶。多數空洞為2～4cm，少數為大空洞(>6cm)，典型的為薄壁，周?chē)鸁o(wú)明顯炎癥浸潤，以?xún)缮戏味嘁?jiàn)。球孢子菌性結節通常無(wú)鈣化，倍增時(shí)間為1年以上。
3.粟粒樣肺球孢子菌病 此型為原發(fā)性肺球孢子菌病的嚴重合并癥，病原菌經(jīng)血行播散至全肺野及肺外其他臟器。常在原發(fā)性肺孢子菌病程早期出現，亦可為慢性進(jìn)行性的晚期并發(fā)癥，如發(fā)于免疫抑制者和有嚴重基礎病和易感種族，臨床及X線(xiàn)表現酷似粟粒性肺結核。免疫受損的宿主，可迅速發(fā)展為呼吸衰竭。血源播散可累及皮膚、關(guān)節、淋巴結、腦膜、肝脾等臟器。
在流行區域，有呼吸道感染者應懷疑本病，常規行球孢子菌素試驗。根據流行區域接觸史、臨床表現和X線(xiàn)特征，免疫學(xué)檢查可診斷，涂片或培養找到肺球孢子菌特有的球體可確診。

本病應與支氣管炎、肺炎、肺結核、肺腫瘤等鑒別。