腦干不僅含有大部分的腦神經(jīng)核(除了嗅神經(jīng)和視神經(jīng))，全身感覺(jué)、運動(dòng)傳導束皆通過(guò)腦干，呼吸循環(huán)中樞亦位于此，而腦干網(wǎng)狀結構則是參與維持意識清醒的重要結構。所以腦干損傷后，除了有局部腦神經(jīng)受損的表現外，意識障礙、運動(dòng)感覺(jué)障礙的表現往往較重，而且還可有呼吸循環(huán)功能的衰竭，危及生命。
1.意識障礙 原發(fā)性腦干損傷病人，傷后常立即發(fā)生昏迷，輕者對痛刺激可有反應，重者昏迷程度深，一切反射消失。昏迷為持續性，時(shí)間多較長(cháng)，很少出現中間清醒或中間好轉期，如有，應想到合并顱內血腫或其他原因導致的繼發(fā)性腦干損傷。
2.瞳孔和眼運動(dòng)改變 眼球活動(dòng)和瞳孔調節功能由動(dòng)眼、滑車(chē)及外展等腦神經(jīng)管理，它們的神經(jīng)核均位于腦干，腦干損傷時(shí)可有相應變化，臨床上有定位意義。中腦損傷時(shí)，初期兩側瞳孔不等大，傷側瞳孔散大，對光反應消失，眼球向下外傾斜;兩側損傷時(shí)，兩側瞳孔散大，眼球固定。腦橋損傷時(shí)，可出現兩瞳孔極度縮小，光反射消失，兩側眼球內斜，同向偏斜或兩側眼球分離等征象。
3.去皮質(zhì)強直 是中腦損傷的重要表現之一。因為中腦前庭核水平存在促進(jìn)伸肌收縮的中樞，而中腦紅核及其周?chē)W(wǎng)狀結構是抑制伸肌收縮的中樞所在。兩者之間切斷時(shí)，便出現去皮質(zhì)強直。表現為伸肌張力增高，兩上肢過(guò)伸并內旋，下肢亦過(guò)度伸直，頭部后仰呈角弓反張狀。損傷較輕者可為陣發(fā)性，重者則持續發(fā)作。
4.錐體束征 是腦干損傷的重要體征之一。包括肢體癱瘓、肌張力增高，腱反射亢進(jìn)和病理反射出現等。在腦干損傷早期,由于多種因素的影響,錐體束征的出現常不恒定。但基底部損傷時(shí)，體征常較恒定。如腦干一側性損傷則表現為交叉性癱瘓，包括肢體癱瘓、肌張力增高、腱反射亢進(jìn)及病理反射陽(yáng)性。嚴重損傷處于急性休克期時(shí)，全部反射可消失，病情穩定后才可出現。
5.生命體征變化
(1)呼吸功能紊亂：腦干損傷常在傷后立即出現呼吸功能紊亂。當中腦下端和腦橋上端的呼吸調節中樞受損時(shí)，出現呼吸節律的紊亂，如陳-施呼吸;當腦橋中下部的長(cháng)吸中樞受損時(shí)，可出現抽泣樣呼吸;當延髓的吸氣和呼氣中樞受損時(shí)，則發(fā)生呼吸停止。在腦干繼發(fā)性損害的初期，如小腦幕切跡疝的形成時(shí)，先出現呼吸節律紊亂，陳-施呼吸，在腦疝的晚期顱內壓繼續升高，小腦扁桃體疝出現，壓迫延髓，呼吸即先停止。
(2)心血管功能紊亂：當延髓損傷嚴重時(shí)，表現為呼吸心跳迅速停止，病人死亡。較高位的腦干損傷時(shí)出現的呼吸循環(huán)紊亂常先有一興奮期，此時(shí)脈搏緩慢有力，血壓升高，呼吸深快或呈喘息樣呼吸，以后轉入衰竭，脈搏頻速，血壓下降，呼吸呈潮式，終于心跳呼吸停止。一般呼吸停止在先，在人工呼吸和藥物維持血壓的條件下，心跳仍可維持數天或數月，最后往往因心力衰竭而死亡。
(3)體溫變化：腦干損傷后有時(shí)可出現高熱，這多由于交感神經(jīng)功能受損，出汗功能障礙，影響體熱發(fā)散所致。當腦干功能衰竭時(shí)，體溫則可降至正常以下。
6.內臟癥狀
(1)上消化道出血：為腦干損傷應激引起的急性胃黏膜病變所致。
(2)頑固性呃逆。
(3)神經(jīng)源性肺水腫：是由于交感神經(jīng)興奮，引起體循環(huán)及肺循環(huán)阻力增加所致。
腦干反射與腦干損害平面的對應關(guān)系：嚴重腦損傷時(shí)，皮質(zhì)以下至腦干各平面受損程度和范圍不一，其臨床表現亦各異。故可從某些生理反射或病理反射的表現，來(lái)判斷腦干受損的部位，用以指導臨床、推測預后。
原發(fā)性腦干損傷與其他的顱腦損傷往往同時(shí)存在，臨床癥狀重疊，鑒別診斷較為困難。對于傷后立即昏迷并進(jìn)行性加重、瞳孔大小多變、早期發(fā)生呼吸循環(huán)功能衰竭、出現去皮質(zhì)強直及雙側病理征陽(yáng)性的病人，原發(fā)性腦干損傷的診斷基本成立。

原發(fā)性腦干損傷往往與腦挫裂傷或顱內出血同時(shí)伴發(fā)，臨床癥狀相互參錯，難以辨明孰輕孰重、何者為主，特別是就診較遲的病人，更難區別是原發(fā)性損傷還是繼發(fā)性損害。原發(fā)性腦干損傷與繼發(fā)性腦干損傷的區別在于癥狀、體征出現的早晚。繼發(fā)性腦干損傷的癥狀、體征皆在傷后逐漸產(chǎn)生。顱內壓持續監護亦可鑒別：原發(fā)性顱內壓不高，而繼發(fā)性則明顯升高。同時(shí)，CT和MRI也是鑒別診斷的有效手段。在顯示腦實(shí)質(zhì)內小出血灶或挫裂傷方面，尤其是對胼胝體和腦干的細微損害，MRI明顯優(yōu)于CT。腦干聽(tīng)覺(jué)誘發(fā)電位可以較準確地反映腦干損傷的平面及程度。通常在聽(tīng)覺(jué)通路病灶以下的各波正常，病灶水平及其上的各波則顯示異常或消失。顱內壓監護連續測壓亦有鑒別原發(fā)性或繼發(fā)性腦干損傷的作用，雖然二者臨床表現相同，但原發(fā)者顱內壓正常，而繼發(fā)者明顯升高。