晚期常出現合并癥，如慢性不全性腸梗阻、腸穿孔、內瘺形成，右下腹可及腫物。有時(shí)可產(chǎn)生直腸狹窄和肛門(mén)瘺管。可繼發(fā)貧血、血漿白蛋白減少、低鈣(低鎂及低鋅)血癥、維生素D缺乏癥、骨折、骨痛、膽固醇膽石癥、草酸鈣腎結石、輸尿管梗阻、急性腎功能衰竭以及淀粉樣變性等。
1.消化道出血 如前所述，如病變接近于腸道血管分支，且侵襲較深，可出現消化道隱性或顯性失血。大出血者總量可達800～1000ml。但間斷性小量出血者更多見(jiàn)。
2.消化道梗阻 主要原因是腸壁纖維增生、水腫、攣縮或肉芽腫等導致腸腔狹窄，或有腸襻間粘連壓迫，或由于腸管內炎性息肉樣病變隆起加之糞便團塊阻塞等。國內資料認為出現消化道梗阻者可達66.7%。
3.消化道穿孔 由于本病侵犯胃腸道壁全層，易造成全壁嚴重損傷，裂隙狀潰瘍穿透后可形成慢性穿孔，與周?chē)M織粘連。但極少出現急性穿孔或游離性穿孔。
4.膿腫形成 胃腸道急、慢性穿孔易并發(fā)腹腔感染，繼之而腸腹壁間、腸襻間、腸系膜內、肝下、脾下、膈下等形成小膿腫，患兒表現高熱、寒戰、持續性腹痛或膿毒血癥。一般多為革蘭陰性桿菌感染。
5.瘺道形成 局限性回腸炎比其他腸道炎癥性病變更易出現瘺道，原因如前述。多為腸襻間瘺道如小腸與乙狀結腸間。其他也有腸與腹膜間，腸生殖器間，肛周與直腸間等。
6.其他 一些極少見(jiàn)的并發(fā)癥不一一論述。有報道局限性回腸炎兒童發(fā)病將來(lái)伴發(fā)胃腸道癌的幾率增加，但這并無(wú)定論。
7.營(yíng)養不良 水、電解質(zhì)失衡可致兒童缺鈣、鋅、鎂等。小兒由于恐懼腹痛、腹瀉等而形成厭食，更加重營(yíng)養不良、低蛋白血癥、貧血和多種維生素吸收不良；70%小兒可有乳糖吸收不良。但也有資料認為本病對營(yíng)養狀況及能量供應影響并不明顯。
8.生長(cháng)發(fā)育遲緩 由于營(yíng)養狀況及治療藥物的應用，慢性發(fā)育不良常見(jiàn)，骨骼發(fā)育遲緩，骨骺鈣化不全，智力也可能有一定水平低下。但患兒體內生長(cháng)激素水平并不低。此外，患兒也可能出現抑郁癥等精神紊亂。