VKC應與其他變應性結膜病相鑒別。嚴重的VKC患者具有典型的體征：瞼結膜鋪路石樣乳頭增生、盾形潰瘍、Horner-Trantas點(diǎn)以及其他征象。然而對于輕型病例，確診比較困難，常需要借助實(shí)驗室檢查。

　　1.特應性角結膜炎(atopic keratoconjunctivitis，AKC) 在早期，兩種疾病常易發(fā)生混淆。在流行病學(xué)上，AKC多發(fā)于十幾歲到中年;多為常年性，比VKC病程長(cháng)。從外部觀(guān)察，AKC患者的眼瞼常有慢性眼瞼炎和濕疹。同VKC不同，AKC常引起結膜瘢痕、上皮下浸潤和下穹隆縮窄。其他的癥狀和體征也有助于兩者之間的鑒別：AKC主要影響下瞼結膜，有小乳頭;AKC的角膜新生血管化通常位于深層;AKC的分泌物多為水樣，而VKC的分泌物多為黏稠性;在A(yíng)KC很難發(fā)現有Homer-Trantas點(diǎn);AKC的結膜刮片很少發(fā)現有嗜酸性顆粒。

　　2.枯草熱性結膜炎 又稱(chēng)季節變應性結膜炎(seasonal allergic conjunctivitis，SAC)，是臨床常見(jiàn)的疾病。與抗原接觸后迅速發(fā)病。主要表現為結膜充血、結膜水腫和偶發(fā)眼瞼水腫。與VKC不同，SAC患者常伴有變應性鼻炎或鼻竇炎(sinusitis)。在SAC很難觀(guān)察到角膜的改變。

　　3.巨乳頭結膜炎 主要與配戴接觸鏡有關(guān)，其他的刺激因素還有配戴義眼、埋藏縫線(xiàn)暴露。其上瞼結膜的乳頭反應和黏液的產(chǎn)生非常類(lèi)似VKC。當去除刺激因素后，GPC的癥狀和體征將明顯減輕或消失。通過(guò)病史分析和仔細檢查可以進(jìn)行鑒別診斷。

　　4.接觸性結膜炎 因使用藥物誘發(fā)超敏反應而造成的化學(xué)性(或毒性)結膜炎也可產(chǎn)生類(lèi)似VKC的癥狀和體征。引起藥物超敏反應的主要藥物有：阿托品、局部麻醉藥、抗生素、苯腎上腺素和其他藥物載體。化學(xué)性結膜炎的乳頭反應并不劇烈，下穹隆結膜易受累。

　　5.沙眼 沙眼也可引起上瞼結膜和角鞏膜緣上方的病理改變。然而，與VKC不同，沙眼可以引起結膜瘢痕、濾泡性結膜炎和Arlt線(xiàn)(水平方向的上皮下纖維化)。結膜刮片無(wú)嗜酸性粒細胞存在。然而，VKC有時(shí)和沙眼同時(shí)存在。