基因組學(xué)主要包括功能基因組學(xué)和結構基因組學(xué)。轉錄組學(xué)則是功能基因組學(xué)中的重要部分,是指在整體水平研究某一個(gè)細胞中基因的全部轉錄本在種類(lèi)、結構、功能、和轉錄調控方面規律的科學(xué)。近年來(lái)已有越來(lái)越多的研究在轉錄組水平上探索其病理生理機制,用于轉錄組學(xué)研究的方法主要是基因芯片技術(shù)、第二代測序技術(shù)。銀屑病是一種多基因遺傳相關(guān)的炎癥性皮膚病,銀屑病轉錄組學(xué)的研究也隨著(zhù)轉錄組學(xué)的研究方法發(fā)展而不斷進(jìn)步。
一、基因芯片技術(shù)
基因芯片技術(shù)因其高效、簡(jiǎn)易等優(yōu)勢而被廣泛應用,應用的是核苷酸原位雜交技術(shù),將核苷酸通過(guò)各種技術(shù)手段按順序排列、固定于固體載體上,形成DNA分子點(diǎn)陣,與處理好的樣品進(jìn)行雜交,從而獲得所測樣品的基因數量和序列信息。
有研究采用基因芯片技術(shù)比較正常皮膚與銀屑病患者皮損、非皮損組織的miRNA表達。結果發(fā)現,14個(gè)差異表達的miRNA,正常皮膚與銀屑病非皮損組織比較,存在表達差異的有11個(gè);正常皮膚與銀屑病皮損組織比較,存在表達差異的有12個(gè)。研究發(fā)現,銀屑病皮損表皮中miR-21表達量較正常皮膚高出2.8倍,銀屑病皮損真皮中其表達量較正常皮膚高出2.6倍,并通過(guò)抑制miR-21表達導致活化T細胞凋亡的比率增加,從而得出miR-21可以抑制活化T細胞的凋亡,其過(guò)度表達可能是導致T細胞介導銀屑病的發(fā)生。
有作者通過(guò)定量RT-PCR得到miR-31主要在角質(zhì)形成細胞、成纖維細胞、黑素細胞中表達,他們運用基因芯片對正常皮膚、銀屑病皮損和非皮損的miR-31表達進(jìn)行比較。正常皮膚中miR-31低表達,且僅限于基底層細胞,相反,在銀屑病非皮損中較高表達,且在基底層和基底層以上細胞均出現,銀屑病皮損中表達更高,且主要出現在基底層以上細胞。
二、第二代測序技術(shù)
與基因芯片技術(shù)相比,轉錄組測序技術(shù)(RNA-seq)可以檢測發(fā)現新序列,無(wú)需設計已知探針;靈敏度高,可以檢測低豐度目標序列,并可以檢測重復序列,數字化信號使其用于較高的精確度,更廣泛的動(dòng)態(tài)變化范圍,能夠同時(shí)檢測、定量正常和稀有轉錄本。
有研究通過(guò)RNA-seq技術(shù)比較了銀屑病、扁平苔蘚、特應性皮炎患者與健康人外周血T細胞的基因表達差異。在銀屑病組中發(fā)現上調表達基因131個(gè),下調20個(gè),經(jīng)過(guò)RT-PCR驗證,在銀屑病組中CD244和KLRC2下調表達,RPRD1B上調表達,與RNA-seq結果一致。雖然基因芯片技術(shù)是重要的技術(shù)手段,但只能發(fā)現部分差異表達基因,而RNA-seq能補充這些技術(shù)。
三、兩種技術(shù)比較
在兩種技術(shù)的研究中,發(fā)現了很多共同的差異表達基因。其中miR-21有較高的差異倍數。研究發(fā)現,miR-21負調控轉錄激活p63,在健康對照與未經(jīng)治療的銀屑病患者樣本分析中得到miR-21與轉錄激活p63呈正相關(guān),與轉錄激活p63mRNA呈負相關(guān),而轉錄激活p63是皮膚穩定的重要因子,與角質(zhì)形成細胞的分化增殖密切相關(guān),其可以直接結合且反式激活Dicer啟動(dòng)子,從而調控Dicer的轉錄,促進(jìn)表皮的分化分層。
基因芯片技術(shù)相比,RNA-seq是一種更精確的轉錄組分析方法,其應用具有革命性意義。但是RNA-seq也具有其特殊的局限性:組織特異性,不同組織類(lèi)型測得的序列是不統一的;時(shí)間獨立性,在生命周期的不同時(shí)間測得的序列有所不同。轉錄組研究方法仍有待優(yōu)化。
四、結語(yǔ)
雖然銀屑病的確切病因尚不清楚,但普遍被認為是一種與基因、免疫、環(huán)境相關(guān)的復雜疾病。通過(guò)全基因組關(guān)聯(lián)研究得知,很多基因已經(jīng)被證實(shí)與銀屑病的病因相關(guān)。整合了基因、環(huán)境和免疫因素的模型已經(jīng)建成。近年來(lái),銀屑病的發(fā)病機制和治療方面進(jìn)展較快。隨著(zhù)轉錄組研究方法的不斷進(jìn)步,轉錄組水平上的研究也越來(lái)越多,不斷發(fā)現新的轉錄本、差異表達基因,更好地了解銀屑病的發(fā)病機制、遺傳背景,為銀屑病的治療提供新的靶點(diǎn)。
1.吡硫翁鋅氣霧劑:適用于銀屑病,脂溢性皮炎,皮脂溢出及其它鱗屑性皮膚病。 2.克銀丸:清熱解毒,祛風(fēng)止癢。用于皮損基底紅,舌基底紅,便秘,尿黃屬血熱風(fēng)燥型的銀屑病。 3.阿維A膠囊:(1)嚴重的銀屑病,其中包括紅皮病型銀屑病、膿皰型銀屑病等。(2)其它角化性皮膚病。
健客價(jià): ¥709銀屑膠囊(金揚沙):祛風(fēng)解毒,用于銀屑病。 復方丙酸氯倍他索軟膏(金紐爾):復方丙酸氯倍他索軟膏用于慢性濕疹銀屑病扁平苔蘚盤(pán)狀紅斑狼瘡神經(jīng)性皮炎掌跖膿皰病等皮質(zhì)類(lèi)固醇外用治療有效的皮膚病。 復方氨肽素片:用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥645卡泊三醇軟膏(金迪銀):用于尋常型銀屑病的局部治療。 迪銀 復方氨肽素片:用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥789卡泊三醇軟膏(金迪銀):用于尋常型銀屑病的局部治療。 鹵米松乳膏(孚松):對皮質(zhì)類(lèi)固醇治療有效的非感染性炎癥性皮膚病。如脂溢性皮炎、接觸性皮炎、異位性皮炎、局限性神經(jīng)性皮炎、錢(qián)幣狀皮炎和尋常型銀屑病。
健客價(jià): ¥348祛風(fēng)解毒,用于銀屑病。
健客價(jià): ¥999卡泊三醇軟膏(金迪銀):用于尋常型銀屑病的局部治療。 復方青黛膠囊(天寧寺):清熱解毒,消斑化瘀,祛風(fēng)止癢。用于血熱挾淤,熱毒熾盛證;進(jìn)行期銀屑病,玫瑰糠疹、藥疹見(jiàn)上述證候者。
健客價(jià): ¥958阿維A膠囊: 1、嚴重的銀屑病,其中包括紅皮病型銀屑病、膿皰型銀屑病等。 2、其它角化性皮膚病。 消銀顆粒:清熱涼血,養血潤燥,祛風(fēng)止癢。用于血熱風(fēng)燥型白疵和血虛風(fēng)燥型白疵。癥見(jiàn)皮疹為點(diǎn)滴狀,基底鮮紅色,表面覆有銀白色鱗屑,或皮疹表面覆有較厚的銀白色鱗屑,較干燥,基底淡紅色瘙癢較甚等。
健客價(jià): ¥762疏通氣血,軟堅消積,清熱解毒,燥濕殺蟲(chóng)。用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥23疏通氣血、軟堅消積、清熱解毒、燥濕殺蟲(chóng)。用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥9疏通氣血,軟堅消積,清熱解毒,燥濕殺蟲(chóng),用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥31疏通氣血,軟堅消積,清熱解毒,燥濕殺蟲(chóng)。用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥29疏通氣血,軟堅消積,清熱解毒,燥濕殺蟲(chóng)。用于銀屑病(牛皮癬)。
健客價(jià): ¥22