男生殖系結(jié)核的治療必須包括全身治療和男生殖系的治療。全身治療與一般的結(jié)核病治療相同。男生殖系治療包括藥物治療和手術(shù)治療兩部分：
（一）藥物治療 男生殖系結(jié)核用抗結(jié)核藥治療有較好的效果。前列腺及精囊結(jié)核均可用藥物保守治療。藥物治療的方法與腎結(jié)核相同，采用以異煙肼、鏈霉素、利福平等為主的兩種或三種藥聯(lián)合應用。應用的療程一般經(jīng)驗為6～12個月。
（二）手術(shù)治療 男生殖系結(jié)核的手術(shù)治療主要解決生殖系的附睪結(jié)核。附睪結(jié)核的解決有助于生殖系其他部位結(jié)核（精囊、前列腺）的愈合。手術(shù)在附睪病變局限后施行與腎結(jié)核相同，在手術(shù)前后亦需要給抗結(jié)核藥物。
附睪切除的適應證：
1．一側(cè)附睪結(jié)核。
2．一側(cè)附睪冷膿瘍形成。
3．雙側(cè)附睪冷膿瘍形成。
4．一側(cè)附睪陰囊慢性竇道形成。
5．雙側(cè)附睪陰囊慢性竇道形成。
附睪切除時，輸精管的切端應盡量高位切斷，并移植于皮下，以免縮回，預防殘留的輸精管內(nèi)結(jié)核病變在陰囊內(nèi)形成結(jié)核性膿瘍。在切除附睪時，睪丸應盡量保留，如睪丸已有病變累及，則將病變部分的睪丸一起切除，以保留部分的睪丸功能；若病變已累及大部分睪丸，睪丸無法保留時，則可將睪丸一并切除。
對附睪切除時對側(cè)輸精管的處理意見尚不一致。對術(shù)前精液常規(guī)檢查已無精子者，以將對側(cè)輸精管結(jié)扎為宜。