確定診斷反應施行手術(shù)治療。對已有明顯肺動(dòng)脈高壓，但肺動(dòng)脈壓仍低于主動(dòng)脈壓，左向右分流的雜音仍較響者，應爭取盡早手術(shù)。肺動(dòng)脈壓接近或超過(guò)主動(dòng)脈壓、雜音很輕或已消失、靜止狀態(tài)或輕度活動(dòng)即出現唇指紫紺、動(dòng)脈血氧飽和度＜90%、或肺總阻力超過(guò)10Wood單位者，已喪失手術(shù)時(shí)機，此時(shí)缺損已成為肺動(dòng)脈高壓血流的“安全”減壓通道，如強行閉合手術(shù)，會(huì )促進(jìn)右心衰竭，加速病情惡化。
手術(shù)采用胸骨正中切口，切開(kāi)心包顯露心臟、大血管后，探明主-肺動(dòng)脈隔缺損的具體部位和情況。如缺損位置較高且為管道型，可用兩把弧形動(dòng)脈鉗分別夾在管道兩側的主動(dòng)脈和肺總動(dòng)脈壁上，鉗間切斷管道，以無(wú)損傷性3-0合成纖維縫線(xiàn)，往返連續縫閉兩切端。大多數病人的缺損位置較低，其下緣鄰近主動(dòng)脈瓣和冠狀動(dòng)脈基部，當中幾無(wú)間隙，缺損呈窗形，則需在體外循環(huán)條件下（經(jīng)股動(dòng)脈插給血管），阻斷缺損遠端的主動(dòng)脈，在主動(dòng)脈和肺動(dòng)脈之間切開(kāi)間隔缺損處，先縫閉主動(dòng)脈上的缺口，排盡左心室和主動(dòng)脈內的氣體后，開(kāi)放升主動(dòng)脈阻斷鉗，恢復冠狀動(dòng)脈灌注后，再縫閉肺動(dòng)脈上的缺口。晚近有人采用在體外循環(huán)和阻斷升主動(dòng)脈的條件下，切開(kāi)肺總動(dòng)脈，從肺動(dòng)脈腔內縫閉缺損處，較為簡(jiǎn)便實(shí)用。對缺損位置較高者，手術(shù)中應防止損傷右肺動(dòng)脈，對缺損位置較低者，應防止傷及冠狀動(dòng)脈。手術(shù)難度與危險性均較動(dòng)脈導管未閉者大，據Stansel1977年統計，非體外循環(huán)條件下手術(shù)者，死亡率高達35%；采用體外循環(huán)方法者為14%。遠期效果視病人手術(shù)前是否已有肺血管繼發(fā)性病變及其程度而異。