有時(shí)不易與傷寒鑒別，須依靠細菌培養及傷寒凝集試驗才能確診。
1、細菌培養：發(fā)熱期間血液和骨髓培養陽(yáng)性率較高，胃腸炎型患者糞便培養易獲陽(yáng)性，有局部化膿病灶的患者，可從抽取的膿液中檢出病原菌。
2、傷寒凝集試驗：副傷寒甲，乙的凝集效價(jià)較高，但副傷寒丙的效價(jià)較低，少數患者在病程中傷寒凝集試驗始終陰性。 

傷寒病早期(第1周以?xún)?，特征性表現尚未顯露，應與下列疾病相鑒別：
1、病毒感染：上呼吸道病毒感染亦可有持續發(fā)熱，頭痛，白細胞數減少，與早期傷寒相似，但此類(lèi)患者起病較急，多伴有上呼吸道癥狀，常無(wú)緩脈，脾大或玫瑰疹，傷寒的病原與血清學(xué)檢查均為陰性，常在1周內自愈。
2、瘧疾：各型瘧疾尤其惡性瘧疾易與傷寒相混淆，但瘧疾每天體溫波動(dòng)較大，發(fā)熱前伴畏寒或寒戰，熱退時(shí)多汗，脾較大質(zhì)稍硬，貧血較明顯，外周血及骨髓涂片可發(fā)現瘧原蟲(chóng)，用有效抗瘧藥治療迅速退熱，抗生素治療無(wú)效。
3、鉤端螺旋體病：本病的流感傷寒型在夏秋季流行期間極常見(jiàn)，起病急，伴畏寒發(fā)熱，發(fā)熱呈持續型或弛張型，與傷寒相似，患者有疫水接觸史，眼結膜充血，全身酸痛，尤以腓腸肌疼痛與壓痛為著(zhù)，腹股溝淋巴結腫大等;外周血白細胞數增高，血沉加快，進(jìn)行有關(guān)病原，血清學(xué)檢查即可確診。
4、急性病毒性肝炎：急性黃疸型肝炎的黃疸前期有發(fā)熱，全身不適，消化道癥狀，白細胞減少或正常，不易與傷寒相區別，但此病患者每于病程第5～7天出現黃疸，體溫亦隨之回復正常，肝大壓痛，肝功能明顯異常，可通過(guò)病毒性肝炎血清學(xué)標志檢查而確診，此外，傷寒并發(fā)中毒性肝炎亦每易與病毒性肝炎相混淆，但前者肝功能損害相對較輕，有黃疸者在黃疸出現后仍發(fā)熱不退，并有傷寒的其他特征性表現，血培養傷寒桿菌可為陽(yáng)性，隨著(zhù)病情好轉，肝大及肝功能較快恢復正常，傷寒病的極期(第2周)以后，須與下列疾病相鑒別。
5、敗血癥：部分革蘭陰性桿菌敗血癥須與傷寒相鑒別，此癥可有膽系，尿路，腸道等原發(fā)感染灶，發(fā)熱常伴有寒戰，多汗，有出血傾向，不少患者早期可發(fā)生休克且持續時(shí)間較長(cháng)，白細胞雖可正常或稍低，但常伴核左移，確診須依靠細菌培養。
6、粟粒型肺結核：發(fā)熱較不規則，常伴有盜汗，脈較快，呼吸急促，發(fā)紺等，有結核病史或有與結核病患者密切接觸史，X線(xiàn)攝片可見(jiàn)肺部有粟粒狀陰影。
7、布魯菌病：有與病畜接觸或飲用未經(jīng)消毒的牛，羊乳或乳制品史，長(cháng)期不規則發(fā)熱，發(fā)作時(shí)呈波浪熱型，有關(guān)節，肌肉疼痛及多汗，血清布魯菌凝集試驗陽(yáng)性，血及骨髓培養可分離到布魯菌。
8、地方性斑疹傷寒：起病較急，高熱常伴寒戰，脈快，結膜充血和皮疹，皮疹出現較早(第3～5天)，數量較多，分布較廣，色暗紅，壓之不退，退疹后有色素沉著(zhù)，病程約2周，白細胞數大多正常，血清變形桿菌凝集反應(外-斐反應)陽(yáng)性;血液接種豚鼠腹腔可分離出莫氏立克次體。
9、結核性腦膜炎：部分傷寒患者因嚴重毒血癥可兼有劇烈頭痛，譫妄，昏睡，頸抵抗等虛性腦膜炎表現，容易與結核性腦膜炎相混淆，但結核性腦膜炎患者多伴有其他臟器結核，雖有持續發(fā)熱但無(wú)玫瑰疹與脾腫大，頭痛與頸抵抗更顯著(zhù)，可伴有眼球震顫，腦神經(jīng)癱瘓等，未經(jīng)抗結核特效治療病程逐漸加重，腦脊液檢查符合結核性腦膜炎改變;腦脊液涂片，培養，動(dòng)物接種可發(fā)現結核桿菌。
10、惡性組織細胞增生癥：本病的病理特點(diǎn)是單核-巨噬細胞系統中組織細胞呈異常增生和浸潤，臨床表現復雜多變，有時(shí)主要表現為發(fā)熱，肝，脾腫大和白細胞減少，加之傷寒的骨髓片中有時(shí)可出現組織細胞增多和吞噬現象，故易相混淆，但本病病情進(jìn)展較快，有明顯的貧血，出血癥狀;血片和(或)骨髓片有特異性惡性組織細胞和(或)多核巨組織細胞，增生的組織細胞形態(tài)不一，并可吞噬紅，白細胞及血小板;外周血象出現顯著(zhù)的全血細胞減少，抗菌藥物治療無(wú)效。