一、縱隔腫瘤，心絞痛，食管神經(jīng)官能癥及食管癌，賁門(mén)癌等：
縱隔腫瘤在鑒別診斷上并無(wú)困難，心絞痛多由勞累誘發(fā)，而本病則為吞咽所誘發(fā)，并有咽下困難，此點(diǎn)可資鑒別，食管神經(jīng)官能癥(如癔球癥)大多表現為咽至食管部位有異物阻塞感，但進(jìn)食并無(wú)梗噎癥狀，食管良性狹窄和由胃，膽囊病變所致的反射性食管痙攣，食管僅有輕度擴張，本病與食管癌，賁門(mén)癌的鑒別診斷最為重要，癌性食管狹窄的X線(xiàn)特征為局部粘膜破壞和紊亂;狹窄處呈中度擴張，而本病則常致極度擴張，食管賁門(mén)癌造成的狹窄是由于癌組織浸潤管壁所致，黏膜有破壞，可形成潰瘍，腫塊等改變，病變多以管壁的一側為主，狹窄被動(dòng)擴張性差，內鏡通過(guò)阻力較大，狹窄嚴重者，常無(wú)法通過(guò)，強力插鏡易造成穿孔。
賁門(mén)失弛緩癥的X 線(xiàn)診斷一般并不困難，典型的X 線(xiàn)表現為食管下端呈鳥(niǎo)嘴狀狹窄，但賁門(mén)癌特別是縮窄型型癌亦可使食管下端呈鳥(niǎo)嘴狀狹窄，鋇劑通過(guò)困難，與賁門(mén)失弛緩癥難以鑒別，值得注意的是，賁門(mén)失弛緩癥可以并發(fā)食管癌或賁門(mén)癌，發(fā)生率為315 % ，原因可能為食管黏膜長(cháng)期受到潴留物刺激，發(fā)生潰瘍，黏膜上皮增生惡變等，故對于高齡，病程較短，癥狀不典型的病例，診斷賁門(mén)失弛緩癥需慎重，對于已確診多年的賁門(mén)失弛緩癥患者也應警惕癌變的可能。
二、原發(fā)性與繼發(fā)性的賁門(mén)失弛緩癥
賁門(mén)失弛緩癥有原發(fā)和繼發(fā)之分，后者也稱(chēng)為假性賁門(mén)失弛緩癥(p seudoachalasia) ，指由胃癌，食管癌，肺癌，肝癌，江胰腺癌，淋巴瘤等惡性腫瘤，南美錐蟲(chóng)病，淀粉樣變，結節病，神經(jīng)纖維瘤病，嗜酸細胞性胃腸炎，慢性特發(fā)性假性腸梗阻等所引起的類(lèi)似原發(fā)性賁門(mén)失弛緩癥的食管運動(dòng)異常，假性失弛緩癥 病人有吞咽困難癥狀，X線(xiàn)檢查食管體部有擴張，遠端括約肌不能松弛，測壓和X線(xiàn)檢查均無(wú)蠕動(dòng)波，這種情況發(fā)生在食管接合部的黏膜下層及腸肌叢有浸潤性病變存在的疾病，最常見(jiàn)的原因是胃癌浸潤，其他少見(jiàn)疾病如淋巴瘤及淀粉樣變，肝癌亦可發(fā)現相似的征象，內鏡檢查中未經(jīng)預先擴張，該段不能將器械通過(guò)，因為浸潤病變部位僵硬，大多數情況下活檢可確診，有時(shí)須探查才能肯定診斷。
三、無(wú)蠕動(dòng)性異常
硬皮癥可造成食管遠端一段無(wú)蠕動(dòng)，并造成診斷困難，因食管受累常先于皮膚表現，食管測壓發(fā)現食管近端常無(wú)受累，而食管體部蠕動(dòng)波極少，遠端括約肌常呈無(wú)力，但松弛正常，無(wú)蠕動(dòng)性功能異常亦可在伴有的周?chē)陨窠?jīng)疾病中見(jiàn)到，如發(fā)生于糖尿病及多發(fā)性硬化癥的病人。
四、迷走神經(jīng)切斷后的吞咽困難
經(jīng)胸或腹途徑切斷迷走神經(jīng)后能發(fā)生吞咽困難，經(jīng)高選擇性迷走神經(jīng)切斷術(shù)后約75%的病人可發(fā)生暫時(shí)性吞咽困難，大多數情況下術(shù)后6周癥狀可以逐漸消失，X線(xiàn)及測壓檢查中，可見(jiàn)到食管遠端括約肌不能松弛及偶然無(wú)蠕動(dòng)，但很少需要擴張及外科治療，根據病史可以鑒別。
四、老年食管
老年人中食管運動(dòng)功能紊亂是由于器官的退行性變在食管上的表現，大多數老年人在測壓檢查中發(fā)現食管運動(dòng)功能不良，原發(fā)性及繼發(fā)性蠕動(dòng)均有障礙，吞咽后或自發(fā)的經(jīng)常發(fā)生無(wú)蠕動(dòng)性收縮，食管下端括約肌松弛的次數減少或不出現，但食管內靜止壓不增加。
五、Chagas病
可以有巨食管，為南美局部流行的錐蟲(chóng)寄生的疾病，并同時(shí)累及全身器官，其臨床表現與失弛緩癥不易區別，由于繼發(fā)于寄生蟲(chóng)感染使腸肌叢退化，在生理學(xué)，藥物學(xué)及治療反應上與原發(fā)性失弛緩癥相似，Chagas病除食管病變外，尚有其他內臟的改變，診斷前必須確定病人曾在南美或南非居住過(guò)，用熒光免疫及補體結合試驗可確定錐蟲(chóng)病的過(guò)去感染史。