根據中耳炎病史及腦膜炎體征、腰穿腦脊液化驗，一般診斷不難。近年來(lái)由于廣譜抗生素的廣泛應用，急性病情多被抑制，腦脊液化學(xué)變化不大，蛋白可能略有增加，糖及氧化物可在正常范圍內，白細胞略有增多，特別是治療不當，可演變成為局灶性或遷延性腦膜炎，很容易和輕型結核性腦膜炎或流行性腦脊髓膜炎相混淆。

1.化膿性腦膜炎：其中最易混淆者為嗜血流感桿菌腦膜炎，因其多見(jiàn)于2歲以下小兒，腦脊液細胞數有時(shí)不甚高。其次為腦膜炎雙球菌腦膜炎及肺炎雙球菌腦膜炎。鑒別除結核接觸史、結素反應及肺部X線(xiàn)檢查可助診斷外，重要的還是腦脊淮檢查，在細胞數高于外，重要的還是腦脊液檢查，在細胞數高于1000×106/L(1000/mm2)，且分類(lèi)中以中性多形核粒細胞占多數時(shí)，自應考慮化膿性腦膜炎;但更重要的是細胞學(xué)檢查。
2.病毒性中樞神經(jīng)系統感染：主要是病毒性腦炎，病毒性腦膜腦炎及病毒性脊髓炎均可與結腦混淆，其中散發(fā)的病毒腦炎比流行性者更需加以鑒別。各種病毒性腦膜炎之診斷要點(diǎn)為：
①常有特定之流行季節。
②各有其特殊的全身表現，如腸道病毒可伴腹瀉、皮疹或心肌炎。
③腦脊液改變除細胞數及分類(lèi)與結腦不易鑒別外，生化改變則不相同，病毒性腦膜腦炎腦脊液糖及氯化物正常或稍高，蛋白增高不明顯，多低于1g/L(100mg/dl)。
④各種病毒性腦炎或腦膜炎有其特異的實(shí)驗室診斷 方法，如血清學(xué)檢查及病毒分離等(參閱各有關(guān)專(zhuān)章節)。輕型病毒腦炎和早期結腦鑒別比較困難，處理原則是：
①先用抗結核藥物治療，同時(shí)進(jìn)行各項檢查，如結素試驗、肺X線(xiàn)片等以協(xié)助診斷。
②不用激素治療，如短期內腦脊液恢復正常則多為病毒腦炎而非結腦。
③鞘內不注射任何藥物，以免引起腦脊液成分改變增加鑒別診斷之困難。
3.新型隱球菌腦膜腦炎：其臨床表現、慢性病程及腦脊液改變可酷似結腦，但病程更長(cháng)，可伴自發(fā)緩解。慢性進(jìn)行性顱壓高癥狀比較突出，與腦膜炎其他表現不平等。本病在小鍺較少見(jiàn)故易誤診為結腦。確診靠腦脊液涂片，用墨汁染色黑地映光法可見(jiàn)圓形、具有厚莢膜折光之隱球菌孢子，沙保培養基上有新型隱球菌生長(cháng)。
4.腦膿腫：腦膿腫患兒多有中耳炎或頭部外傷史，有時(shí)繼發(fā)于膿毒敗血癥。常伴先天性心臟病。腦膿腫患兒除腦膜炎及顱壓高癥狀外，往往有局灶性腦征。腦脊液改變在未繼發(fā)化膿性腦膜炎時(shí)，細胞數可從正常到數百，多數為淋巴細胞，糖及氯化物多正常，蛋白正常或增高。鑒別診斷借助于超聲波、腦電圖、腦CT及腦血管造影等檢查。
5.但腦瘤與結腦不同處為：
①較少發(fā)熱。
②抽搐較少見(jiàn)，即使有抽搐也多是抽后神志清楚，與晚期結腦患兒在抽搐后即陷入昏迷不同。
③昏迷較少見(jiàn)。
④顱壓高癥狀與腦征不相平行。
⑤腦脊液改變甚少或輕微。
⑥結素試驗陰性，肺部正常。為確診腦瘤應及時(shí)作腦CT掃描以協(xié)助診斷。
6.典型的結腦診斷比較容易，但有些不典型的，則診斷較難。不典型結腦約有以下幾種情況：
①嬰幼兒起病急，進(jìn)展較快，有時(shí)可以驚厥為第1癥狀。
②早期出現腦實(shí)質(zhì)損害癥狀，表現為舞蹈癥或精神障礙。
③早期出現腦血管損害，表現為肢體癱瘓者。
④同時(shí)合并腦結核瘤時(shí)，可似顱內腫瘤表現。
⑤其他部位的結核病變極端嚴重，可將腦膜炎癥狀及體征掩蓋而不易識別。
⑥在抗結核治療過(guò)程中發(fā)生腦膜炎時(shí)，常表現為頓挫型。對于以上各種不典型垢情況，診斷需特別謹慎，防止誤診。