真菌性角膜潰瘍的診斷比較困難，一般應從下列三方面著(zhù)手。
1、病史 有以下情況之一者，應進(jìn)一步作病原體檢查。
①農村患者，起病前有稻谷等農業(yè)外傷史，或角膜炎史，或挑除異物史。
②較長(cháng)時(shí)間滴用或球結膜下注射多種抗生素而潰瘍未能控制者。
2、癥狀及體征
①常伴有前方積膿的白色、黃白色或灰白色潰瘍，其發(fā)展程度與病程對比，相對為慢性者。
②眼部刺激癥狀與潰瘍大小對比，相對為輕微者。
3、病原
①潰瘍壞死組織進(jìn)行刮片檢查，可找到真菌菌絲；將刮片接種于真菌培養基上，可有真菌生長(cháng)。
②細胞培養一般陰性，或僅有雜菌生長(cháng)。
真菌的檢查方法：取潰瘍面壞死組織進(jìn)行涂片檢查，如能找到真菌菌絲，或取壞死組織進(jìn)行培養，而有真菌生長(cháng)，是最可靠的診斷依據。采取標本方法是先滴表面麻醉劑，然后用尖頭小刀片在浸潤致密處刮取直徑0.5毫米潰瘍部壞死組織一小塊，作為標本。一般先做氫氮氧化鉀涂片檢查，如果尚有標本可取，可同時(shí)作真菌培養。有時(shí)，一次以兔過(guò)多損傷瞳孔區角膜，切勿在潰瘍深處采取標本，以防潰瘍穿孔。
刮取標本時(shí)，有時(shí)已能在真菌性與細菌性之間作出初步鑒別。一般說(shuō)來(lái)，真菌性潰瘍面的壞死組織呈“苔垢”或“牙膏”樣，質(zhì)地疏松，缺少粘性；而細菌性潰瘍面的壞死組織呈“膠凍”樣，富于粘性。
⑴真菌涂片法 取潰瘍面壞死組織一小塊置于玻片上，滴5%氫氧化鉀溶液一小滴于其上，覆以蓋玻片，略加輕壓。用高倍顯微鏡檢查，即可檢得真菌菌絲。多者常滿(mǎn)布視野，但少量菌絲則需仔細檢查才能發(fā)現。涂片陽(yáng)性，一般即可確定診斷。標本需當時(shí)檢查，不能保存。
⑵真菌培養法 取壞死組織一小塊，置于固體土豆或沙氏培養基斜面上。如能同時(shí)接種在幾個(gè)培養基上，則有助于提高培養陽(yáng)性率。放在攝氏37度溫箱內，每日觀(guān)察。接種次日起即有真菌生物可能。如果一周后尚未見(jiàn)生長(cháng)，即為陽(yáng)性。培養法可以觀(guān)察真菌菌落的形態(tài)、色澤，在顯微鏡下檢查菌絲、孢子等，以鑒別菌咱，保存菌種以及作藥物敏感度試驗。培養的陽(yáng)性率一般涂片為低。
開(kāi)始時(shí)僅有眼部劃物敏感或刺激感，伴有視力模糊。有外傷史者，在受傷后數天內出現潰瘍，發(fā)展較緩，和外傷后迅速發(fā)展的綠膿桿菌性角膜潰瘍有所不同。
早期眼瞼紅腫及畏光流淚等刺激癥狀輕重不等，嚴重階段刺激癥狀大多反見(jiàn)較輕。充血常很?chē)乐兀饕獮榛旌闲裕糠植±捎猩倭炕野咨置谖铩?br /> 由于真菌菌株的不同，感染時(shí)間的久暫以及個(gè)體情況的差異，臨床上所見(jiàn)到的潰瘍形態(tài)很不一致。典型的早期潰瘍呈灰白或乳白色，常為不規則形。表面粗糙，致密，略高出平面。潰瘍和浸潤的密度分布不均勻，潰瘍與健區角膜分界大多清楚，潰瘍邊緣常不整齊。
較大的潰瘍常為黃白色，多數為不規則圓形，表面似干燥粗略，呈“苔垢”或“牙膏”樣。基質(zhì)浸潤致密，潰瘍邊緣稍有隆起。病變如發(fā)展，潰瘍周?chē)梢?jiàn)結節狀或樹(shù)根樣基質(zhì)浸潤。
有人對于真菌性角膜炎常用以下名稱(chēng)描述。
菌絲苔波：是附著(zhù)在潰瘍表面的菌絲和壞死組織。色白不透明，微隆起，與健區角膜分界清楚。可刮除，刮除后的潰瘍面較透明。
菌絲灶：是真菌菌絲長(cháng)入角膜基質(zhì)的病灶。表面微隆起干燥粗糙。混濁區的浸潤密度濃淡不一致。質(zhì)地較硬，用刀刮時(shí)，刀尖上附著(zhù)的刮物很疏松。刮過(guò)后的潰瘍仍混濁不透明。
菌絲灶邊緣：有些潰瘍邊緣毛糙不齊。有時(shí)伸出樹(shù)根浸潤，稱(chēng)為“偽足”；或在潰瘍周?chē)霈F孤立的結節狀圓形浸潤點(diǎn)，稱(chēng)為“衛星灶”。
反應環(huán)：在菌絲灶的周?chē)幸蝗ρ仔约毦櫍话悴惶珜挘s1～2毫米，是機體對菌絲的防衛反應。有人稱(chēng)做“免疫環(huán)”。
分界溝：位于菌絲灶和反應環(huán)中間。此處炎癥細胞浸潤最多，是淺層組織壞死，輕度低陷而成的淺溝。
真菌性角膜潰瘍的裂隙燈檢查，潰瘍的發(fā)展由淺層到深層。早期潰瘍?yōu)闇\表性，角膜厚度幾乎無(wú)甚改變。潰瘍底部為濃密的基質(zhì)浸潤，可達角膜全層的0.2、0.4、0.6不等。基質(zhì)水腫雖輕，但常為全層性。正對菌絲灶后面的內皮，常有水腫粗糙及增厚，同時(shí)伴有皺褶，有人稱(chēng)做“內皮斑塊”。有時(shí)整個(gè)角膜出現彌漫性霧狀水腫，提示潰瘍在發(fā)展中。
潰瘍的發(fā)展過(guò)程，常先在周?chē)虻撞砍霈F浸潤，繼而形成膿瘍，膿瘍壞死而成潰瘍，潰瘍面壞死組織不斷融解脫落，使角膜逐漸變薄，最后導致穿孔。
穿孔一般較緩慢，位置、大小及形態(tài)不定。穿孔處經(jīng)常微隆起，每有虹膜顯露，中央穿孔時(shí)角膜略呈圓錐形。穿孔發(fā)生率約10%左右。
有時(shí)壞死組織雖未脫落，角膜即已出現“漏水”現象，以至前房在不知不覺(jué)中消失。又有時(shí)在壞死的角膜組織中，顯露少許虹膜組織，亦是潰瘍穿孔的另一種跡象。
潰瘍一旦穿孔，炎癥漸見(jiàn)減輕，但較在面積的穿孔，前房多數很難再度形成。潰瘍壞死組織不斷脫落，可使透明的后彈力層完全暴露，虹膜清晰可見(jiàn)，由于抵擋不住正常的眼內壓，進(jìn)而發(fā)展成角膜局部或全部葡萄腫。
當潰瘍趨向愈合時(shí)，眼痛減輕，刺激癥狀改善，粘性分泌物消失，潰瘍色澤由黃白轉變?yōu)榛野咨瑵儽砻媲鍧崳車(chē)掀は騼壬L(cháng)，熒光素著(zhù)色范圍縮小。前房積膿和丁道爾現象以及角膜后沉著(zhù)物減少。潰瘍愈合后，角膜基質(zhì)仍有浸潤及水腫，常需歷時(shí)數月才能吸收。
潰瘍愈合過(guò)程中可有新生血管伸入。細長(cháng)單枝者少見(jiàn)，密集粗短的每見(jiàn)于菌絲灶周?chē)H似角膜變小，角膜緣內移。
嚴重的虹膜睫狀炎反應，是真菌性角膜潰瘍特征之一。約50%病例可有前房積膿，自1毫米或2～3毫米，少數病例積膿可達前房一半以上，甚至充滿(mǎn)整個(gè)前房。積肥膿呈乳白或淡黃色，前者為潰瘍早期現象，而后者常代表炎癥發(fā)展至嚴重階段。膿液粘稠，不易移動(dòng)。潰瘍、膿瘍以及前房積膿三者時(shí)在形態(tài)上融為一體，易于混淆，需裂隙燈切面檢查，才能區別。
角膜后沉淀物有兩種類(lèi)型，一種是棕灰色的粉末狀或細顆粒狀，每見(jiàn)于潰瘍早期，面積較小的病例，前房大多無(wú)膿或少量積膿。另一類(lèi)是淡黃色漿糊樣片狀，或者是灰白色斑塊狀，附著(zhù)于粗糙的角膜內皮面上，通常伴有前房積膿。前房積膿如果未能吸收，最后在前房角、虹膜、晶體表面形成機化膜。
真菌性角膜潰瘍已經(jīng)愈合，上皮生長(cháng)，熒光素完全不染色時(shí)，在短期內仍有復發(fā)可能，這是同細菌性潰瘍不同之處。

有些潰瘍形態(tài)很象細菌性，必須依靠仔細的臨床檢查和病原體診斷，以便和細菌性角膜潰瘍鑒別。