等孢球蟲(chóng)感染可持續數周乃至數年，大多癥狀輕微。腹瀉為其主要癥狀，大便以黏液便多見(jiàn)，嗜酸性粒細胞常大量存在，但中性粒細胞則罕見(jiàn)。腹瀉一天數次，但也有報告每天達二十余次持續3～4天，周期性發(fā)作達數月之久。此外，患者常有腹部絞痛、發(fā)熱、惡心、嘔吐、食欲減退、體重下降等。少數患者有小腸吸收不良，特別是脂肪吸收不良，大便中含有粗大的脂肪顆粒。國外“志愿者”實(shí)驗感染或實(shí)驗室工作人員意外感染者中，癥狀以腹部不適、低熱、腹瀉多見(jiàn)。腹瀉始于感染后1周，持續5～10天即可自愈，但大便中卵囊排出可繼續10～20天。本病存在無(wú)癥狀帶蟲(chóng)者，但由于大便中卵囊常被遺漏，準確的無(wú)癥狀帶蟲(chóng)者數量無(wú)法確定。
本病確診有賴(lài)于大便中發(fā)現等孢球蟲(chóng)卵囊。取新鮮大便并經(jīng)硫酸鋅漂浮濃集后鏡檢可以提高卵囊檢出率。等孢子球蟲(chóng)卵囊透明度較高，在直接涂片中很容易遺漏，此時(shí)可將顯微鏡光圈縮小直至涂片中其他原蟲(chóng)或細菌輪廓清晰，有助鑒別。鑒別時(shí)主要依據為卵囊大小，子孢子數目，子孢子周?chē)欠翊嬖阪咦幽业取３蟊銠z查以外，小腸黏膜活檢和腸內容物檢查，也可能發(fā)現等孢子球蟲(chóng)發(fā)育的各期形態(tài)。十二指腸引流液檢查，部分患者亦可獲陽(yáng)性結果。

本病應注意與其他腹瀉相鑒別。等孢子球蟲(chóng)病廣泛分布于熱帶和亞熱帶，尤應與阿米巴痢疾、腸滴蟲(chóng)病、藍氏賈第鞭毛蟲(chóng)病、隱孢子蟲(chóng)病等區別，惟本病人體感染相當少見(jiàn)。