馬爾堡病毒病潛伏期3～9天，起病急，有寒戰，體溫迅速升高，伴有嚴重頭痛、背痛、全身肌肉關(guān)節疼痛并感不適。可有食欲減退、惡心、嘔吐和腹瀉，大便呈水樣并可帶有黏液和血。發(fā)病3～8天后，常在軀干部出現紅色斑丘疹并迅速波及全身，最后融合成片。3～4天體溫達高峰，持續1～2周漸退。部分病人有第二次發(fā)熱。通常在發(fā)病4～5天內病人進(jìn)入危險期，極度嗜睡和精神改變，驚厥最后昏迷。
馬爾堡病毒病患者約半數有自發(fā)性出血，特別是呼吸道和胃腸道出血，原因尚不明。
據流行病學(xué)史，有相應的臨床表現，分離到病毒或特異性抗體IgM滴度在1∶8以上，IgG滴度在1264以上可以確診埃波拉或馬爾堡病毒病。

應與病毒性出血熱相鑒別。