新生兒柯薩奇病毒感染的潛伏期可有很大差異，一般在生后7～14天。經(jīng)宮內垂直感染者多在生后5天內發(fā)病，生后感染者多在5天后發(fā)病。潛伏期長(cháng)短也與不同血清型、新生兒個(gè)體因素(胎齡、日齡、免疫狀況等)有關(guān)。輕型新生兒CVB感染可無(wú)明顯臨床表現，而嚴重者可侵犯多臟器系統，甚而致死。CVB的不同血清型感染，可有相似的臨床表現，而同一血清型的不同個(gè)體感染，其臨床表現也有很大差異。
1.發(fā)熱及敗血癥樣表現 多數患兒起病急劇，出現發(fā)熱，體溫多在38℃以上，熱型不規律，持續數天甚至10余天后逐漸恢復。發(fā)熱期間可伴有激惹、吃奶少、嘔吐、腹瀉等神經(jīng)、消化系統癥狀，隨著(zhù)體溫恢復而好轉，多數自愈。中、重度病例急期伴有敗血癥樣全身表現，發(fā)病1～2天后可出現休克、黃疸、肝脾大、呼吸困難、抽搐，甚而有DIC、肺出血、心力衰竭、呼吸衰竭，急劇死亡。
2.心血管系統表現 此型多為CVB2～4感染，主要表現嚴重的心肌損害。此型多在生后5～9天發(fā)病，可先有發(fā)熱、神萎、腹瀉、拒乳，數天后出現心肌炎體征，出現心動(dòng)過(guò)速、心臟擴大、奔馬律、面色蒼白、呼吸困難、血壓下降等心力衰竭或心源性休克表現。心電圖顯示低電壓、T波低平或倒置、P-R間期延長(cháng)及各種心律失常。超聲檢查可有廣泛心肌損害。如病情進(jìn)展迅速，可危及生命。部分病例有驚厥、昏迷和肝損害者又稱(chēng)為腦-肝-心肌炎，此型病情危重。
3.多臟器系統功能損害 新生兒CVB的暴發(fā)流行感染的中、重型病例常伴有心、腦、肺、肝、腎、血液各系統多臟器損害，甚而出現多臟器功能衰竭(MOF)。中樞神經(jīng)系統損害除昏迷、抽搐外，可有前囟張力增高、肌張力改變、反射異常等。腦脊液蛋白增加，糖、氯化物正常，細胞數一般在500/mm3以下。多數資料報道神經(jīng)系統損害多在7～10天恢復。消化系統損害以胃腸道癥狀和肝損害為特征，可有腹脹、惡心、嘔吐、肝脾腫大、肝功障礙、谷丙轉氨酶(ALT)增高、黃疸。腎損害表現尿少、無(wú)尿、水腫、血尿、蛋白尿、氮質(zhì)血癥等急性腎功能衰竭表現。肺損害主要為肺炎和肺出血。臨床可有呼吸困難、發(fā)紺、肺內啰音，胸片顯示肺紋理增強、斑片狀陰影。血液系統損害包括出血傾向、皮膚出血點(diǎn)、瘀斑以及血小板計數下降和DIC改變。
臨床診斷應從本病患兒的臨床特點(diǎn)和流行病學(xué)資料兩方面分析提出。
1.嬰兒的臨床特點(diǎn) 圍產(chǎn)新生兒發(fā)病急劇，有不明原因的發(fā)熱;有上呼吸道感染或敗血癥樣表現，合并心肌損害;有感染的臨床表現，但病情進(jìn)展迅速，病情危重，不支持細菌感染者。
2.流行病學(xué)資料 新生兒集中發(fā)病，夏秋季節;母親或嬰兒室醫護人員近期有發(fā)熱等感染病史，同嬰兒室有類(lèi)似上呼吸道感染、發(fā)燒患兒同期發(fā)病或相繼起病者。
上述臨床特點(diǎn)結合實(shí)驗室檢查和輔助檢查可確診。

和敗血癥相鑒別，和TORCH綜合征相鑒別。