潛伏期2～28天，一般7～12天。因受染者免疫水平以及受染菌株的不同，臨床表現復雜多樣。
1.早期(感染毒血癥期) 發(fā)病后3天以?xún)龋饕憩F為突然寒戰、發(fā)熱，體溫可達39℃，多呈弛張熱型，可伴有頭痛，無(wú)力，結膜充血或出血，腓腸肌痛及壓痛可在第1天出現，淋巴結腫大第2天出現，以腹股溝及腋窩部為多。
2.器官損傷期 病后3～10天，根據癥狀分為不同的臨床類(lèi)型。
(1)流感傷寒型：為早期癥狀的繼續，無(wú)明顯或嚴重器官損害及功能不全。
(2)黃疸出血型：即外耳病(Weil’s disease)，國內較少見(jiàn)。
(3)腦膜腦炎型：發(fā)病數天即出現腦膜刺激癥，重者可抽搐、昏迷、腦疝、呼吸衰竭以及各種神經(jīng)損害癥。
(4)肺出血型：在早期感染中毒癥候群的基礎上，出現咯血，但無(wú)明顯肺部啰音和呼吸功能障礙者，稱(chēng)肺出血普通型。如有感染中毒敗血癥反應的同時(shí)，出現進(jìn)行性呼吸困難，缺氧和窒息，迅速發(fā)展的啰音以及X線(xiàn)表現雙肺彌漫性出血陰影，稱(chēng)為肺彌漫性出血型。此型發(fā)展快，病情進(jìn)展分3期。
①先兆期：患者面色蒼白，煩躁逐漸加重，呼吸、心率進(jìn)行性增快，肺部有散在的、逐漸增多的干、濕啰音，可有血痰或咯血。
②出血期：如先兆期內未及時(shí)治療，短期內面色極度蒼白，唇發(fā)紺，煩躁。呼吸心率顯著(zhù)加快。第一心音減弱或出現奔馬律，雙肺布滿(mǎn)濕啰音，多數有不同程度的咯血。
③垂危期：如病情未能控制，可在短期內(1～3天)病情迅速加劇，表現極度煩躁不安，神志模糊，甚至昏迷。喉有痰鳴，極度發(fā)紺，大口鮮血從口、鼻涌出(呈泡沫狀)，可發(fā)生窒息，心率減慢，呼吸不規則甚至停止。上述演變過(guò)程短則數小時(shí)，長(cháng)則12～24h。該病的發(fā)病機制可能由于機體對病原體及其有毒物質(zhì)的超敏反應的結果。其理由：A.發(fā)病迅速、兇猛，恢復亦迅速。肺部病灶消失快，未見(jiàn)血管破裂，大出血是經(jīng)過(guò)充血、淤血和溢血3個(gè)過(guò)程;B.激素治療有特效;C.凝血功能正常，未見(jiàn)DIC表現。
3.后期 起病7～14天后，大部分病人很快恢復;部分病例經(jīng)早期感染中毒癥狀后，無(wú)中期明顯器官損害，即進(jìn)入后期，表現為后期的并發(fā)癥。
本病臨床表現復雜，因而早期診斷較為困難，易誤診、漏診。應結合流行病學(xué)特點(diǎn)。早期的臨床癥狀和病原學(xué)和血清學(xué)檢查綜合判斷，并與其他疾病鑒別。

肺出血型應與肺結核、支氣管擴張、腫瘤等鑒別。