大多數(shù)感染者是無癥狀的，但可長期隨糞便排出包囊。因組織受侵犯而發(fā)生的癥狀包括間歇性腹瀉和便秘，胃腸脹氣和痙攣性腹痛。肝區(qū)和升結(jié)腸區(qū)可能有觸痛，大便含有粘液和血。
阿米巴痢疾在熱帶地區(qū)常見，但在溫帶地區(qū)不常見。其特征為頻繁發(fā)作的液狀或半液狀腹瀉，糞中常含有血液，粘液和活的滋養(yǎng)體。腹部體征從輕度觸痛直至伴有高熱和全身中毒癥狀的明顯腹痛。觸痛腫大的肝臟常伴有阿米巴結(jié)腸炎。復(fù)發(fā)之間，癥狀可減輕到反復(fù)發(fā)生的腹部痙攣和腹瀉或軟便，但虛弱和貧血仍繼續(xù)存在。也可能出現(xiàn)亞急性闌尾炎的癥狀，若對這類病人作外科手術(shù)可能引致腹膜炎。
慢性感染的癥狀與炎癥性腸病相似，表現(xiàn)為間歇性非痢疾樣腹瀉伴有腹痛，粘液便，腹部脹氣和體重減輕。慢性感染還可在升結(jié)腸和盲腸區(qū)出現(xiàn)觸痛的可捫及類似于癌腫的塊狀或環(huán)狀病變(阿米巴瘤)。
轉(zhuǎn)移性阿米巴病起源于結(jié)腸，可累及任何器官，但肝右葉的單個肝膿腫最為常見。它可發(fā)生在以前無癥狀的病人，男性比女性多見(7:1~9:1)，可不知不覺地發(fā)展加劇。癥狀包括肝區(qū)疼痛或不適，可隨活動而加劇，有時可痛及右肩；間歇熱，出汗，寒戰(zhàn)；惡心，嘔吐，虛弱和體重減輕。黃疸不常見，若有也僅僅是輕度黃疸。膿腫可穿破到膈下間隙，右胸膜腔，右肺和其他附近器官。有時可見滋養(yǎng)體直接感染所致的皮膚病變，好發(fā)于肛周和臀部以及外傷或手術(shù)的創(chuàng)口。

肝阿米巴病和阿米巴膿腫必須與細菌性肝膿腫和感染性肝棘球蚴囊腫等其他肝臟感染鑒別.