由于念珠菌是共棲菌，所以從痰、口腔、陰道、尿、糞便或皮膚培養出念珠菌并不一定表明已發(fā)生進(jìn)行性侵襲性念珠菌感染。診斷必須具有特征性的臨床病變，受侵組織的組織病理學(xué)證據，或排除其他病因。血，腦脊液，心包或心包積液，或活檢組織標本的陽(yáng)性培養是決定采取全身性治療必須的確診依據。組織標本內有典型的由酵母菌，假菌絲和/或菌絲所致的組織病理學(xué)征象也具有診斷價(jià)值。但常是推測性的開(kāi)始治療。雖然目前已開(kāi)展了各種檢測抗體或抗原的血清學(xué)方法，但沒(méi)有一種具有足夠的特異性和敏感性可用于嚴重病人的快速診斷或排除診斷。

1、念珠茁性陰道炎應與滴蟲(chóng)性陰道炎鑒別：后者主要表現為陰道分泌物增多，為黃白色或黃綠色泡沫狀分泌物，帶有臭味，伴有劇癢，直接鏡檢可查到活動(dòng)的毛滴蟲(chóng)，或涂片染色法可查到毛滴蟲(chóng)體的蟲(chóng)體。
2、口腔粘膜念珠菌病應與，腔粘膜臺斑病、扁平苔蘚、二期梅毒鑒別：
(1)口腔扁平苔蘚：損害常見(jiàn)于頰粘膜后側、舌腹側、舌背、齒齦、腭部及咽喉部，皮損為樹(shù)枝狀或網(wǎng)狀銀白色細紋及小丘疹，對稱(chēng)分布，口唇部可有輕度糜爛、滲出，有明顯的粘著(zhù)性鱗肩。真菌直接鏡檢為陰性。
(2)粘膜白斑病：多見(jiàn)于中年男性，主要發(fā)生于頰、唇、舌粘膜、硬腭、齒齦等處。皮損為白色斑片，單發(fā)或多發(fā)，界限不清，邊緣稍隆起，無(wú)自覺(jué)癥狀。組織病理為上皮不典型增生，真菌直接鏡檢為陰性。
(3)二期梅毒：約1／3的二期梅毒息者可出現粘膜斑，皮損發(fā)生于唇及頰的內側、舌、咽、扁桃體、喉部。主要表現為粘膜紅腫、糜爛，上覆灰白色滲出物，邊緣有一暗紅色暈，無(wú)自覺(jué)癥狀。粘膜斑內含有大量的拇毒螺旋體。